Kulit bawang merah (Allium cepa L.) mengandung flavonoid yang dapat bertindak sebagai antioksidan dan memiliki potensi sebagai obat. Senyawa metabolit tersebut dapat diperoleh dengan ekstraksi. Tujuan penelitian untuk mengetahui senyawa metabolit sekunder yang terkandung dalam ekstrak kulit bawang merah menggunakan GC-MS. Metode ekstraksi yang digunakan pada penelitian ini yaitu refluks dan perkolasi dengan menggunakan pelarut metanol dan pengujian senyawa metabolit sekunder kulit bawang merah menggunakan GC-MS. Hasil rendemen refluks 6% sedangkan rendemen perkolasi yaitu 11,3%. Hasil analisis GC-MS pada metode refluks menunjukan adanya Tetradecanoid acid, methyl ester (CAS), dan 9-Hexadecenoic acid, methyl ester, (Z)-. Sedangkan pada metode perkolasi terdapat 9-Octadecenoic acid (Z)-,methyl ester (CAS), dan Octadecanoic acid, methyl ester . Metode ekstraksi yang baik digunakan yaitu perkolasi karena memiliki hasil rendemen yang tinggi. Untuk hasil skrining fitokimia pada ekstrak metanol kulit bawang merah menunjukan hasil yang positif mengandung senyawa metabolit sekunder akan tetapi pada saat diidentifikasi dengan menggunakan GC-MS senyawa tersebut tidakterdeteksi. Kata Kunci: Kulit bawang merah, Refluks, Perkolasi, GC-MS