Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui rata-rata kemampuan berpikir kritis siswa antara kelas yang dikenai model pembelajaran Group Investigation dan kelas yang dikenai model pembelajaran Guided Discovery yang berbasis portofolio dalam penilaian. Populasi dalam penelitian ini adalah siswa kelas VII SMP Negeri 3 Magelang tahun pelajaran 2013/2014. Sampel diambil dengan teknik Cluster Random Sampling. Pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan metode tes. Analisis data menggunakan:(1) Uji t pihak kanan, untuk menguji tingkat ketuntasan individual; (2) Uji z, untuk menguji tingkat ketuntasan klasikal; dan (3) Uji t perbedaan rata-rata, untuk menguji perbedaan rata-rata kemampuan berpikir kritis siswa antara kelas dengan model pembelajaran Group Investigation dan kelas dengan model pembelajaran Guided Discovery berbasis portofolio. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: (1) pembelajaran dengan model Group Investigation berbasis portofolio telah mencapai ketuntasan belajar secara individual maupun secara klasikal; (2) pembelajaran dengan model Guided Discovery berbasis portofolio telah mencapai ketuntasan belajar secara individual maupun secara klasikal; (3) rata-rata kemampuan berpikir kritis siswa dengan model pembelajaran Guided Discovery berbasis portofolio lebih baik dari rata-rata kemapuan berpikir kritis siswa dengan model pembelajaran Group Investigation berbasis portofolio.The purposes of this study are to find out the average competence of studentâs critical thinking skills between the Group Investigation and Guided Discovery base on portfolio. The population of this study is students of VII grades of junior high school 3 Magelang, by using Cluster Random Sampling. The data collecting by using test method. The data analyses are using: (1) T test of right side, to examine the level of individual minimum score competeness; (2) Z test, to examine the level of classical minimum score competeness; (3) T test the difference of average, to examine the distinction of the critical thinking skills score average between Group Investigation class and Guided Discovery class. The result of the study shows that: (1) Group Investigation class base portofolio has already passed the minimum score altough the students of experiment class; (2) Guided Discovery class base portofolio has already passed the minimum score altough the students of experiment class; (3) score average of the critical thinking students skills in Group Investigation class are better than score average of the critical thinking students skills in Guided Discovery class.