Pelayanan transportasi keperintisan adalah sebagai unsur pendorong (promoting) menyediakan jasa transportasi yang efektif untuk menghubungkan daerah terisolasi dengan daerah berkembang yang berada di luar wilayahnya dan/atau luar negeri, sehingga terjadi pertumbuhan perekonomian yang sinergis. Selain itu, pelayanan kapal perintis tersebut diselenggarakan untuk mewujudkan fokus kerja Kementerian Perhubungan yaitu peningkatan keselamatan dan keamanan, peningkatan kualitas pelayanan, dan peningkatan kapasitas. Berdasarkan hasil analisis disparitas yang cukup tinggi terjadi di wilayah timur Indonesia antara lain di Tanah Bumbu, Kepulauan Anambas, Natuna, Tanjung Pinang, Bima, Ambon, Kepuluauan Aru, Maluku Barat Daya, Seram Bagian Barat, Tual, Halmahera Barat, Halmahera Selatan, Halmahera Tengah, Halmahera Timur, Halmahera Utara, Kepulauan Sula, Pulau Morotai, Pulau Taliabu, Ternate, Asmat, Boven Digul, Mappi, Merauke, dan Mimika. Disparitas tertinggi yaitu sebesar 114% terjadi pada tahun 2017 untuk bahan pokok di wilayah Maluku, tepatnya di Kepulauan Aru, Maluku Barat Daya, dan Tual. Dari sampel trayek yang diamati didapat bahwa rata-rata passenger factor untuk setiap voyage berada di rentang 1% hingga 13% saja dengan tingkat keterisian penumpang maksimum pada satu voyage sebesar 45.5%. Sementara, rata-rata load factor untuk setiap voyage berada di rentang 0.2% hingga 28% dengan tingkat keterisian barang maksimum pada satu voyage sebesar 103.5%. Berdasarkan identifikasi konektivitas antara trayek angkutan laut perintis dengan simpul pelabuhan tol laut, tampak bahwa masih ada ketimpangan konektivitas antara jaringan angkutan laut perintis dengan simpul pelabuhan tol laut. Konektivitas simpul pelabuhan tol laut dengan angkutan laut perintis paling tinggi ada di Pelabuhan Saumlaki, dengan 16 trayek terkoneksi dengan pelabuhan ini.