Latar belakang penelitian ini adalah sedikitnya jumlah siswa minoritas muslim sehingga siswa kurang bersosialisasi saat jam pembelajaran pendidikan agaman Islam, lingkungan mayoritas Kristen sehingga berbeda dengan budaya Islami. Oleh karena itu guru harus memiliki upaya-upaya dalam mengatasi problematika pembelajaran tersebut agar terciptanya proses pembelajaran pendidikan agama Islam yang efektif. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui problematika yang terjadi pada pembelajaran pendidikan agama Islam, dan upaya-upaya yang dilakukan untuk mengatasi problematika tersebut. Penelitian ini menggunakan pendekatan metode kualitatif jenis deksriptif, dengan menggunakan informan kunci guru pendidikan agama Islam, dan siswa minoritas Islam, serta informan pendukung adalah kepala sekolah. Dalam mengumpulkan data penulis menggunakan metode observasi dan wawancara. Teknis analisis data yang digunakan adalah reduksi data, display data, dan veribikasi data. Untuk menguji keabsahan data dengan menggunakan triangulasi sumber yaitu membandingkan hasil wawancara yang dilakukan pada informan kunci dan pendukung dengan hasil pengamatan secara langsung oleh penulis. Hasil penelitian ini adalah beberapa problematika yang terjadi saat pembelajaran agama Islam sedikitnya jumlah siswa muslim minoritas, lingkungan mayoritas Kristen sehingga berbeda dengan budaya Islami serta sarana dan prasarana kurang memadai. Adapun upaya untuk mengatasi problematika tersebut adalah guru harus memberi motivasi agar siswa semangat dalam belajar agama Islam terkait dengan kondisi sekitar, bagi guru harus adanya kegiatan ice breaking atau pencair suasana agar siswa tidak bosan, dan untuk problematika sarana dan prasarana diharapkan pihak sekolah untuk memberi perhatian terkait sarana dan dalam proses pembelajaran agama Islam