Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh modernisasi sistem administrasi dan pengetahuan perpajakan terhadap kepatuhan wajib pajak pada Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Sikka. Hal ini dilatarbelakangi oleh rendahnya presentase kepatuhan pajak yang di sebabkan oleh wajib pajak yang masih kesulitan dalam penggunaan sistem administrasi pajak yang modern dan pengetahuan tentang perpajakan yang masih minim. Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif. Teknik pengambilan sampel dilakukan dengan menggunakan Rumus Slovin dengan jumlah 100 responden. Teknik pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian ini adalah kuesioner dengan menggunakan pengukuran skala Likert. Teknik analisis data yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis regresi linear berganda. Hasil penelitian menunjukkan bahwa modernisasi sistem administrasi dan pengetahuan perpajakan berpengaruh terhadap kepatuhan wajib pajak pada Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Sikka. Saran dalam penelitian ini yaitu Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Sikka harus fokus dalam upaya sosialisasi terkait perkembangan sistem administrasi, agar wajib pajak memiliki pemahaman yang baik akan sistem perpajakan yang berkembang secara modern dan meningkatkan sarana dan prasarana menyangkut layanan sistem jaringan atau aplikasi pembayaran onilne.