Salah satu upaya yang dilakukan untuk meningkatkan kualitas perguruan tinggi adalah menjalin kerja sama internasional dengan berbagai pihak. Namun dalam menjalin kerja sama internasional tersebut, terdapat tantangan dan hambatan yang dialami oleh pendidikan tinggi Islam. Penelitian ini bertujuan menganalisis tantangan yang dialami dalam melaksanakan kerjasama internasional pada 3 (tiga) perguruan tinggi keagamaan islam negeri (PTKIN) di Indonesia, yaitu UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, UIN Walisongo Semarang, dan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Penelitian ini dilakukan dengan menggabungkan metode penelitian kuantitatif dengan kualitatif. Data dalam penelitian ini akan diambil secara kuantitatif melalui kuesioner yang akan disebarkan kepada informan secara online yang terdiri dari pimpinan universitas (rektorat dan biro), pimpinan lembaga, pimpinan fakultas, guru besar, dosen dan peneliti, serta mahasiswa asing di lingkungan ketiga perguruan tinggi tersebut. Dengan jumlah narasumber dan responden sebanyak 50 orang pada masing-masing perguruan tinggi. Berdasarkan temuan penelitian, dapat disimpulkan bahwa hambatan yang dialami oleh ketiga perguruan tinggi keagamaan terletak pada aspek manajemen organisasi masing-masing perguruan tinggi dan dikombinasikan oleh Kementerian agama yang belum menjalankan perannya dengan maksimal. Factor minimnya koordinasi antar universitas Islam negeri maupun Kementerian Agama menambah hambatan yang terjadi saat melakukan kerja sama internasional Selain itu, factor pendanaan juga menjadi penghambat kerja sama Internasional di tiga universitas islam negeri tersebut.