Penelitian ini bertujuan untuk meningkatkan hasil belajar IPA dengan model PROBEX pada materi keanegaragaman makhluk hidup dan mengidentifikasi factor -faktor dari model PROBEX dalam meningkatkan hasil belajar IPA pada Materi Keanekaragaman Makhluk Hidup. Peserta dalam penelitian ini adalah siswa kelas VII SMPN 2 Rangsang Pesisir dengan jumlah 32 siswa. Penelitian ini menggunakan model Penilaian Tindakan Kelas yang dirancang dengan 2 siklus. Teknik pengumpulan data menggunakan soal tes tertulis, wawancara dan dokumentasi. Konsep pembelajaran PROBEX dipraktikkan. Terdapat peningkatan pembelajaran sebesar 28,28% dibandingkan dengan pembelajaran pra siklus yang dilakukan sebelum perbaikan. Namun pembelajaran pada siklus I belum sepenuhnya berhasil, persentase ketuntasan meningkat menjadi 64,28 persen setelah siklus I. Peneliti pada siklus II memusatkan perhatian pada perbaikan model pembelajaran PROBEX untuk meningkatkan hasil belajar dan mencapai ketuntasan siswa sebesar 78,5% yang merupakan nilai maksimal belajar siswa. Kriteria keberhasilan penelitian menunjukkan bahwa pengajaran konsep sains yang berkaitan dengan keanekaragaman hayati dengan menggunakan paradigma PROBEX dapat meningkatkan pemahaman siswa terhadap konsep-konsep tersebut.