EduChemia: Jurnal Kimia dan Pendidikan
Vol 1, No 2 (2016): Available Online in July 2016

STUDI KOMPUTASI INTERAKSI ISOFLAVON DENGAN RESEPTOR ESTROGEN β MENGGUNAKAN METODE ONIOM

Budi Mulyati (Jurusan Teknik Industri, Fakultas Teknik Universitas Nurtanio, Jl. Pajajaran No. 219 Bandung)



Article Info

Publish Date
30 Jul 2016

Abstract

Reseptor Estrogen (RE) β merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pengganti pada wanita menopause dan obat kemoterapi melawan kanker. Isoflavon merupakan fitoestrogen yang dapat terikat pada kedua jenis estrogen reseptor dengan afinitas yang bervariasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE β serta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Tahap penelitian dimulai dengan optimasi struktur RE β (PDB kode 1QKM) kemudian dilakukan simulasi docking dan ligan dengan menggunakan autodock Vina dan ditentukan energi afinitasnya. Ligan yang digunakan pada penelitian ini adalah Faktor 2, Daidzein, Genistein, Glisitein, Kakkatin, Biochanin A, 6,4’-dihidroksi-7-metoksiisoflavon. Sebagai pembanding digunakan ligan alami Estrogen. Hasil penelitian ini menunjukkan energi afinitas RE β terhadap Faktor 2, Daidzein, Genestein, Kakkatin, 6,4’-dihidroksi-7-metoksiisoflavon, Glisitein, Biochanin A, berturut-turut adalah -6,7 kkal/mol; -6,5 kkal/mol; -6,3 kkal/mol; -5,9 kkal/mol; -5,4 kkal/mol; -4,8 kkal/mol dan -3,2 kkal/mol. Untuk mengetahui residu asam amino yang berikatan dengan ligan, hasil autodock vina diproses menggunakan Ligplus. Urutan potensi estrogenik dari perhitungan ONIOM pada Reseptor Estrogen β adalah Faktor 2 > Genestein > Daidzein> Kakkatin > Biochanin A > Glisitein > 6,4’-dihidroksi-7-metoksiisoflavon.

Copyrights © 2016






Journal Info

Abbrev

EduChemia

Publisher

Subject

Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Education Materials Science & Nanotechnology

Description

Focus and Scope Educhemia (Jurnal Kimia dan Pendidikan) is Periodicals published the results of research related to the development of science and technology in the field of Chemistry and Chemistry education as a form of intellectual property Chemistry: Organic chemistry, Inorganic chemistry, ...