cover
Article Per Year (5 Year)
All
Home Page
OAI Link
Editorial Team
Contact
Reviewer
Google Scholar
Contact Name
-
Contact Email
-
Phone
-
Journal Mail Official
-
Editorial Address
-
Location
Kota adm. jakarta barat,
Dki jakarta
INDONESIA
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Published by Universitas Esa Unggul
ISSN : -     EISSN : -     DOI : -
Core Subject : Science, Education,
Materials Science & Nanotechnology Other
Arjuna Subject : -
Articles 25 Documents
 1   2   3 
ISOLASI DAN PENAPISAN BAKTERI SELULOLITIK DARI BERBAGAI JENIS TANAH SEBAGAI PENGHASIL ENZIM SELULASE Seprianto, Seprianto
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 2 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstractCellulose is an enzyme that hydrolyzes β-1,4-glycosidic bonds on cellulose molecules to produce glucose. The utilization of cellulase enzymes is currently increasing in the food, paper , detergent and agricultural industries. This research was aimed at obtaining cellulolytic bacterial isolates capable of producing cellulose enzyme where enzyme activity was measured daily by DNS method and to add bacterial isolate collection which will be used for further research. Screening of cellulolytic bacteria from soil led to detection or one potential isolate, designated as 6.2 showed highest activity among others which occurred on the 11th day with activity value of 0,0189 μmol/minute and the lowest activity of cellulase enzyme was not observed its activity, while the highest dissolved protein content occurred on the sixth day with activity of 0,408240784 mg/ml and the lowest protein content on day 2th of 0,167673552 mg / ml. The highest activity of specific enzyme occurred on the 11th day with a value of 0,0538 U/mg, while the lowest activity of specific enzyme was not activity with value of 0 U/mg. Keywords : screening, cellulolytic bacteria, cellulose AbstrakEnzim selulase merupakan enzim yang dapat menghidrolisis ikatan β-1,4-glikosidik pada molekul selulosa sehingga menghasilkan glukosa. Pemanfaatan enzim selulase saat ini semakin meningkat dalam dunia industri makanan, industri kertas, industri detergen dan industri pertanian. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan spesies bakteri selulolitik yang potensial menghasilkan enzim selulase dan melihat aktivitas enzim dengan metode pengukuran DNS serta menambah koleksi isolat bakteri dari biakan murni yang akan digunakan untuk penelitian selanjutnya. Dari hasil penelitian penapisan bakteri selulolitik yang diisolasi dari berbagai jenis tanah didapatkan satu isolat yang potensial yaitu Isolat 6.2 menunjukan aktivitas lebih baik diantara yang lainnya dengan aktivitas enzim ektrak kasar tertinggi terjadi pada hari ke-11dengan nilai 0,0189 µmol/menit dan aktivitas enzim selulase terendah tidak teramati aktivitas enzimnya atau sama dengan nilai 0 µmol/menit, sedangkan kadar protein terlarut tertinggi terjadi pada hari ke-6 dengan nilai 0,408240784 mg/ml dan kadar protein terendah pada hari ke-2 sebesar 0,167673552 mg/ml. Aktivitas enzim spesifik tertinggi terjadi pada hari ke-11 dengan nilai 0,0538 U/mg, sedangkan aktivitas enzim spesifik terendah tidak memiliki aktivitas atausama dengan nilai 0 U/mg. Kata kunci : penapisan, bakteri selulolitik, enzim selulase
ANALISIS KOMPARASI FERNING TEST FASE OVULASI PADA WANITA PEKERJA DAN IBU RUMAH TANGGA USIA PRODUKTIF Novianti, Titta
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 1 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Abstrak Siklus menstruasi merupakan suatu periode berlangsungnya perubahan fisiologi pada wanita. Menstruasi terjadi dalam rentang waktu antara fase perdarahan menstruasi yang satu dengan fase perdarahan menstruasi berikutnya. Pada kenyataanya wanita tidak memiliki siklus menstruasi normal, tidak memiliki pola tertentu. Wanita yang mengalami gangguan masalah reproduksi berkaitan erat dengan siklus mesntruasi ditentukan akibat gangguan pada fisik dan psikis sehingga menyebabkan kecemasan dan stress. Beban pekerjaan yang tinggi pada wanita pekerja dapat menekan dan menghambat kerja hormon sehingga siklus reproduksi terganggu atau terhambat. Eksresi hormone estrogen, yang menunjukkan fase ovulasi dapat diamati dengan adanya kristal fern pada apusan kelenjar saliva (air liur). Pada penelitian ini dilakukan analisis secara komparasi eksresi hormone estrogen melalui apusan kelenjar saliva, saat fase ovulasi pada wanita pekerja dan ibu rumah tangga usia produktif, untuk membandingkan adanya perbedaan fase ovulasi pada wanita pekerja dan ibu rumah tangga. Responden penelitian adalah para wanita pekerja urban dan  ibu rumah tangga usia produktif masing-masing sebanyak 15 orang, di wilayah Tangerang Selatan. Pengambilan sampel penelitian secara acak dengan metoda random sampling, dan metode penelitian cross sectional. Sampel adalah air saliva dari wanita pekerja urban dan ibu rumah tangga pada pagi hari saat bangun tidur, yang dioleskan diatas kaca objek dengan menggunakan cutton bud. Dilakukan pengamatan di bawah mikroskop dan dilakukan analisis data komparasi dengan uji statistic Mann Whitney.  Hasil pengamatan pada apusan kelenjar saliva, menunjukkan dari 15 orang wanita pekerja urban terdapat 6 orang tidak mengeksresikan kristal fern berarti tidak terjadi ekskresi hormone estrogen pada hitungan kalender yang seharusnya sudah ovulasi. Dan sekitar  4 orang pada ibu rumah tangga tidak terekskresikan Kristal fern. Hasi uji komparasi menunjukkan tidak terdapat perbedaan yang cukup berarti ekskresi hormone ini pada hitungan kalender masa ovulasi, antara wanita pekerja urban dan ibu rumah tangga dengan p > 0,05.Kata kunci :  wanita pekerja, ibu rumah tangga, ovulasi, ferning test, usia produktif
SEL FEEDER DAN CONDITIONED MEDIUM UNTUK KULTUR SEL PUNCA EMBRIONIK MENCIT SEBAGAI MODEL UNTUK PROPAGASI SEL PUNCA EMBRIONIK Naroeni, Aroem
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 2 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstractStem cell is very promising for regenerative medicine. Unfortunately, the sources of stem cells are limited. Umbilical cord, bonne marrow are now the most used as stem cell source. Many techniques are now being developed to isolate, propagate and differentiate stem cells. The development of induced-pluripotent stem cells that reprogram adult cells to stem cells are being developed as well. In this research we have developed stem cell culture for the propagation of stem cells by using feeder cells and conditioned medium. Stem cells were isolated from mice embryonic  13 days after copulation. We obtained bulks of stem cells surrounded with mouse fibroblast cells. Stem cells require this mouse fibroblast cells as a feeder and conditioned medium, Medium that have been added with supernatant of 3 days cell culture. Keywords : stem cell, conditioned medium, induced-pluripotent stem cell AbstrakSel punca sangat menjanjikan dalam bidang kedokteran regeneratif karena dapat menyembuhkan berbagai penyakit karena kerusakan jaringan. Meskipun begitu, sumber sel punca yang dapat digunakan untuk keperluan tersebut sangat terbatas. Sel darah pusat dan sumsum tulang belakang saat iniadalah merupakan sumber sel punca yang paling banyak digunakan. Beberapa macam teknik sedang dikembangkan untuk mengisolasi, propagasi dan differensiasi sel punca. Perkembangan induced-pluripotent stem cell (iPS) untuk propagasi sel punca juga sedang dikembangkan. Pada penelitian ini, kami mengembangkan kultur sel untuk propagasi sel punca dengan menggunakan sel feeders dan conditioned medium. Sel punca diisolasi dari embrio mencit 13 hari setelah kopulasi. Setelah dikultur dalam media tersebut maka diperoleh sekelompok sel punca yang dikelilingi oleh sel fibroblas. Sel punca dapat dikembangkan dan dipertahankan sifat kepuncaannya dengan menggunakan sel fibroblas sebagai sel feeder dan penambahan conditioned medium pada media kulturnya. Kata kunci : sel punca, conditioned medium, induced-pluripotent stem cell
IDENTIFIKASI DAN ISOLASI HALOALKANA DEHALOGENASE DARI PSEUDOMONAS AERUGINOSA STRAIN LOKAL Nora, Adri; Ratnaningsih, Enny; Natalia, Dessy
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 1 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstrakSenyawa organohalida banyak digunakan dalam industri sebagai pestisida dan aditif untuk bensin. Salah satu senyawa organohalida yang banyak diproduksi adalah 1,2-dikloroetana (DCE). Namun, senyawa organohalida merupakan polutan yang dapat membahayakan lingkungan karena senyawa ini sulit terdegradasi dan bersifat karsinogenik. Beberapa bakteri diketahui mampu mendegradasi DCE seperti bakteri dari genus Pseudomonas, Bradyrizhobium, dan Xantobacter. Bakteri-bakteri tersebut menghasilkan haloalkana dehalogenase yang mampu mengkatalisis pemutusan ikatan antara karbon dengan halogen. Pada DCE katalisis dehalogenase menghasilkan 2-kloroetanol, ion halida, dan  proton. Dalam penelitian ini dilakukan identifikasi dan isolasi haloalkana dehalogeanse dari Pseudomonas aeruginosa strain lokal. Pseudomonas aeruginosa diidentifikasi dengan PCR16S ribosomal DNA menggunakan Unibi (5’-GGT TAC (GC) TTG TTA CGA CTT-3) sebagai primer maju dan BactF-1 (5’-AGA GTT TGA TCA CTG GCT CAG-3’) sebagai primer mundur. Pseudomonas aeruginosa dapat tumbuh dalam medium Luria Bertani dan minimal medium yang mengandung DCE 1─10mM. Haloalkana dehalogenase yang dihasilkan merupakan enzim intrasel dengan aktivitas spesifik 8,809 unit/mg protein (unit = µmol Cl- / menit). Isolasi dan fraksinasi haloalkana dehalogenase menghasilkan aktivitas spesifik menjadi 32,108 unit/mg protein (naik 3,5 kali dibandingkan ekstrak kasarnya). Jika dibandingkan dengan Pseudomonas aeruginosa OK1, Pseudomonas aeruginosa strain lokal ini lebih berpotensi untuk digunakan dalam bioremediasi karena Pseudomonas aeruginosa strain lokal memiliki aktivitas spesifik yang lebih besar dan kemampuan tumbuh yang lebih cepat dibandingkan OK1. Kata Kunci : 1,2-dikloroetana, Pseudomonas aeruginosa, haloalkana dehalogenase
FLORA PANDAN KAWASAN SEMENDE, MUARA ENIM, SUMATERA SELATAN Keim, Ary Prihardhyanto
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 2 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstractEleven species of Pandanaceae are recorded from the vicinity of Semende, Muara Enim, South Sumatra, in which six species belong to the genus Freycinetia (F. insignis, F. rigidifolia, F. sumatrana, F. cf. angustifolia, F. cf. kamiana, and F. cf. scandens), two species are Pandanus (P. amaryllifolius and P. furcatus), and three species are Benstonea (B. korthalsii, B. cf. atrocarpa, and BenstoneP. a sp. ). One undescribed taxon identified here as Benstonea sp. probably represents a new species.  Keywords : pandan, pandanaceae, sumatra AbstrakDi seluruh kawasan Semende, Muara Enim, Sumatra Selatan terekam sebelas jenis tumbuhan yang termasuk Pandanaceae; enam jenis termasuk marga Freycinetia (F. insignis, F. rigidifolia, F. sumatrana, F. cf. angustifolia, F. cf. kamiana, dan F. cf. scandens), dua termasuk marga Pandanus (P. amaryllifolius dan P. furcatus), serta tigatermasuk marga Benstonea (B. korthalsii, B. cf. atrocarpa, dan Benstonea sp. ). Takson Benstonea sp. diduga merupakan jenis baru Kata kunci : pandan, pandanaceae, sumatra
BIOADSORPSI SPESI SULFUR DALAM ION TIOSULFAT OLEH THIOBACILLUS THIOPARUS DENGAN BANTUAN ZEOLIT ALAM LAMPUNG SEBAGAI MEDIUM ADSORPSI Hidayanto, Ariyo Prabowo; Dianursanti, Dianursanti; Karamah, Eva F; Wulan, Praswasti PDK
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 1 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstrakSelain dapat menurunkan keekonomisan gas bumi, gas buang yang mengandung senyawa sulfur juga memiliki potensi yang dapat menimbulkan pencemaran udara jika terlepas ke udara. Untuk mengurangi kadar senyawa ini, proses bioadsorpsi dapat digunakan dengan menggabungkan proses degradasi oleh aktivitas mikroba dalam hal ini melalui aktivitas bakteri Thiobacillus thioparus dengan proses adsorpsi melalui bantuan material berpori yaitu zeolit alam Lampung sebagai adsorben. Pada tahap pembuatan medium dan fase tumbuh kultur Thiobacillus thioparus, koloni sel dijaga pada fase log yang akan terbentuk mulai hari ke 4 dan berhenti pada hari ke 8 dengan pH optimum harus stabil pada rentang 6 – 8. Pada fase inilah kultur digunakan pada proses bioadsorpsi. Zeolit sebagai bahan pengisi kolom bioadsorpsi juga sebelumnya di preparasi dengan proses mekanik untuk menyeragamkan ukuran diameter partikel yaitu sebesar ± 1 – 2 mm. BET autosorb digunakan untuk mengetahui profil fisik dari zeolit yaitu luas permukaan, volume pori, dan diameter pori. Pada proses bioadsorpsi, persentase reduksi tertinggi spesi sulfur pada ion tiosulfat dicapai sebesar 41,31 % pada jam ke 8. Sedangkan, proses bioadsorpsi akan terus berlanjut sampai mencapai jam ke 24 hingga tak tersedianya lagi sulfur yang dapat didegradasi oleh Thiobacillus thioparus, maka sel memasuki fase kematian hingga mengakhiri proses yang terjadi.Kata kunci : Thiobacillus thioparus, zeolit alam lampung, bioadsorpsi
ANALISA BIOINFORMATIKA GEN E1 DAN E2 DARI VIRUS HEPATITIS C (HCV) GENOTIPE 1, 2, 3 DAN 6 SEBAGAI KANDIDAT VAKSIN VIRAL-LIKE PARTICLES (VLP) Saraswati, Henny
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 2 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstractHepatitis C virus (HCV) causes hepatitis disease. This disease is dangerous due to the large number of people with chronic hepatitis infection. Chronic hepatitis infection may progress to cirrhosis, liver cancer and death. The mortality rate due to liver cancer is quite large and occupies the top 10 causes of death in the world. HCV vaccine is necessary to prevent HCV transmission. The challengeof this vaccine developmentis the genotypes circulate in the world. In Indonesia, there are genotypes 1, 2, 3 and 6. HCV vaccine should be able to protect from most genotype. Therefore, the development of HCV vaccine takes a long time. One vaccine approach sounds promisingis VLP (Viral-like Particles) vaccine. The E1 E2 protein on the surface of the virus is an excellent candidate for VLP vaccine material, because of its immunogenecity. In this study, we didbioinformatics studyto analyzes E1 and E2 genes from genotypes 1, 2, 3 and 6. These genes sequences are obtained fromGenBank, and analyzed further using softwares such as BioEdit Sequence Alignment Editor, BLAST and BLAST Primer. From this study we can obtain E1-E2 gene consensus sequence and also conserved region of E1 and E2 gene sequence. The results of this study can be further used in the development of HCV VLP vaccine candidates. Keywords : VLP vaccine, E1 gene, E2 gene. AbstrakVirus Hepatitis C (HCV) merupakan penyebab penyakit hepatitis. Penyakit ini berbahaya dikarenakan besarnya angka penderita infeksi hepatitis kronis. Infeksi hepatitis kronis dapat berlanjut menjadi sirosis dan kanker hati, hingga kematian. Angka kematian karena kanker hati cukup besar dan menempati 10 besar penyebab kematian tertinggi di dunia. Vaksin HCV sangat diperlukan untuk mencegah penularan infeksi. Kesulitan yang dihadapi adalah banyaknya genotipe HCV yang beredar. Di Indonesia sendiri terdapat genotipe 1, 2, 3 dan 6. Vaksin HCV harus dapat memberikan proteksi terhadap infeksi beberapa macam genotipe. Oleh karena itu, pengembangan vaksin HCV memerlukan waktu yang cukup lama. Salah satu pendekatan vaksin adalah dengan vaksin VLP (Viral-like Particles). Protein E1E2 yang terdapat pada permukaan virus merupakan kandidat yang sangat baik untuk dijadikan bahan vaksin VLP karena memiliki imunogenesitas yang tinggi. Dalam penelitian ini dilakukan analisa bio informatika terhadap gen E1 dan E2 dari genotipe 1, 2, 3 dan 6. Sekuen gen-gen ini diperoleh melalui Gen Bank dan dianalisa lebih lanjut menggunakan beberapa perangkat lunak seperti Bio Edit Sequence Alignment Editor, BLAST dan Primer BLAST. Berhasil didapatkan sekuen konsensus gen E1-E2 dan juga sekuen lestari dari gen E1 dan E2. Diharapkan hasil penelitian ini dapat digunakan lebih lanjut dalam pengembangan kandidat vaksin VLP HCV. Kata kunci : Vaksin VLP, gen E1, gen E2.
DIHYDROPTEROATE SYNTHASE (DHPS) TERHADAP EFEKTIFITAS TERAPI PNEUMOCYSTIS Tjampakasari, Conny Riana
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 1 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstrakDihydropteroate synthase (DHPS) merupakan target enzimatik atau target gen untuk sulfonamid yang merupakan obat utama untuk profilaksis atau pengobatan terhadap infeksi oleh jamur Pneumocystis. Kombinasi dari trimetoprim sulfametoksazol banyak digunakan untuk lini pertama profilaksis dan pengobatan pneumonia karena Pneumocystis jirovecii serta untuk mikroba patogen lainnya seperti Plasmodium falciparum, Toxoplasma gondii dan Streptococcus pyogenes. Genom DHPS terletak pada kromosom 19p132 dengan ukuran 9045 basis, memiliki 9 ekson dan membentang sekitar 5 kb. Mutasi gen DHPS berdasarkan penelusuran SNP terjadi perubahan dari Arginin (R) menjadi Cystein  (C) pada posisi protein 174 dan 44.  Sedangkan berdasarkan analisis komparatif protein struktyr sekunder, protein DHPS yang normal, posisi asam amino ke 622 adalah Prolin dengan struktur sekunder asam amino berbentuk coil, sedang pada protein DHPS yang mutan, posisi asam amino ke 622 adalah Leusin dengan struktur sekunder asam amino berbentuk coil pula. Hal ini  menyebabkan tidak ada perbedaan struktur sekunder pada protein DHPS normal dan mutan. Dengan ditemukannya gen mutasi tersebut maka  target enzimatik atau target gen untuk sulfonamid yang merupakan obat utama untuk profilaksis atau pengobatan Pneumocystis menjadi terhambat. Kata kunci: DHPS, efektifitas, terapi pneumocystis
OPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER DEGENERATE UNTUK MENGAMPLIFIKASI FRAGMEN GEN ARGININE DECARBOXYLASE (ADC) GENOM UBI KAYU LOKAL MALUKU TENGGARA Kurniawati, Siti; Hartati, N. Sri
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 2 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstractArginine decarboxylase (ADC) is an enzyme that plays a role in polyamine biosynthesis and has been shown to increase resistance to biotic and abiotic stress. Woody oak (Manihot esculenta Crantz) is known to grow and produce well in dry and poor nutrient conditions. The purpose of this study was to obtain optimum conditions in PCR reaction process to obtain candidate gene fragment of ADC. Four pairs of primers to amplify the gene fragments of ADC are degenerate from several plants that have been deposited on NCBI databases, namely Jatropa curcas (Acc XM_022220421), Populus trichocarpa (Acc XM_002306105.2), Capsicum annuum cv Nockwang (Acc KC160547.1) and Lycopersicon esculentum (Acc L16582.1). The success in amplifying a gene by PCR technique using a specially designed primer is determined by the precision of the primary attachment temperature with the DNA mold. Four primer pairs are designed to successfully amplify DNA sequence fragments from the local cassava genome from Malra, namely Malra012 and Malra016 genotypes. The MeadC1 primary pair can amplify the DNA mold and produce bands of less than 1,000 base pairs at a fixed temperature of 46 ° C.47 ° C. and 48 ° C. Nucleotide base sequence analysis using primary pair MeadC1 has been done, but based on bioinformatic analysis using NCBI BLAST program, the obtained fragment did not show the encoding fragment of ADC gene. Keywords : cassava, arginine decarboxylase, AADC AbstrakArginine decarboxylase (ADC) merupakan enzim yang berperan dalan biosintesis poliamin dan telah terbukti dapat meningkatkan ketahanan terhadap cekaman biotik dan abiotik.Ubi kayu (Manihot esculenta Crantz) dikenal mampu tumbuh dan berproduksi dengan baik meski pada kondisi kering dan miskin hara. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan kondisi optimum pada proses reaksi PCR untuk memperoleh kandidat fragmen gen ADC. Empat pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen gen ADC dirancang secara degenerate dari beberapa tanaman yang telah terdeposit pada database NCBI yaitu Jatropa curcas (Acc XM_012229042.1), Populus trichocarpa (Acc XM_002306105.2), Capsicum annuum cv Nockwang (Acc KC160547.1) dan Lycopersicon esculentum (Acc L16582.1). Keberhasilan dalam amplifikasi suatu gen dengan teknik PCR menggunakan primer yang dirancang khusus sangat ditentukan oleh ketepatan suhu penempelan primer dengan cetakan DNA. Empat pasang primer yang didesain berhasil mengampifikasi fragmen sekuen DNA dari genome ubi kayu lokal asal Malra yaitu genotipe Malra012 dan Malra016. Pasangan primer MeADC1 dapat mengampifikasi cetakan DNA dan menghasilkan pita dengan ukuran kurang dari 1.000 pasang basa pada suhu penempelan 46°C.47°C dan 48°C. Analisis sekuen basa nukleotida menggunakan pasangan primer MeADC1 telah dilakukan, namun berdasarkan analisis bioinformatik menggunakan program BLAST NCBI, fragmen yang diperoleh tidak menunjukkan fragmen penyandi gen ADC. Kata kunci: ubi kayu, arginine decarboxylase, ADC
DETEKSI GEN MSG UNTUK PENINGKATKAN KETEPATAN DIAGNOSIS PNEUMOCYSTIS JIROVECII PADA PASIEN HIV DENGAN PNEUMONIA Tjampakasari, Conny Riana; Yasmon, Andi; Sudarmo, Fitrahwati
Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 2, No 1 (2018): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity
Publisher : Universitas Esa Unggul

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

AbstractPneumocystis jirovecii is the cause of opportunistic infections in the lower respiratory tract of immunocompromised patients, especiallyin human immunodeficiencyvirus (HIV). Until now the case of P. jirovecii in Indonesia is not known with certainty because the data obtained only based on patient’s clinical condition. Culture is still on going research while microscopic as a gold standard has some limitation, among others, takes a long time in the process, requires special kills to work and interpret results. The diagnosis of P.jirovecii infection in Indonesia is still based on clinical and microscopic examination, which takes a long time, is less sensitive and specific. Based on this reason then developed rPCR that  more sensitive and specific. In addtionthe results obtained are less sensitive and spesific. Based on that, in this study developed real-time PCR (rPCR) molecular test that more sensitive and apesific using gene MajorSurface Glicoprotein (MSG). MSG is detection target of its presence in the fungus cell wall is very abundant and has a sustainable sequence. The rPCR was successfully optimized with a minimum DNA detection capability of 6.55 cop / μl and did not cross-react with other microorganisms tested in this study. Obtauned 50 clinical sampels consisting of sputum and sputum induction. The result of comparison between microscopic test and rPCR show that rPCR increase positive results up to 20%. The rPCR test can detect P.jirovecii on clinical samples of sputum and induced sputum from HIV patients with pneumonia with CD4 +> 200 or ≤ 200 cells.  Keywords : real time PCR, HIV, pneumocystis jirovecii. AbstrakPneumocystisjiroveciiadalah penyebab infeksi oportunistik di saluran pernapasan bawah pada individu dengan sistem kekebalan tubuh yang lemah, terutama pada pasien HIV. Pemeriksaan infeksi P. jirovecii di Indonesia masih berdasarkan pemeriksaan klinis dan mikroskopis, yang memerlukan waktu yang cukup lama, kurang sensitif dan spesifik. Berdasarkan hal tersebut maka dalam penelitian ini dikembangkan uji molekuler real time PCR (rPCR) yang lebih sensitif dan spesifik. Uji rPCR telah berhasil dioptimasi dengan kemampuan deteksi minimum DNA 6,55 copy/μl dan tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme yang diuji pada penelitian ini. Dibandingkan dengan uji mikroskopis, uji rPCR memberikan hasil positif 20% lebih tinggi daripada uji mikroskopis. Uji rPCR dapat mendeteksi P.jiroveciipada sampel klinis sputum dan sputum induksi dari pasien HIV dengan pneumonia denganjumlah sel CD4+> 200 maupun ≤ 200. Oleh karena itu, uji rPCR yang telah dioptimasi dalam studi ini dapat mendeteksi P.jirovecii pada sampel klinis sputum dan sputum induksi dari pasien HIV dengan pneumonia dengan jumlah sel CD4+> 200 maupun ≤ 200. Kata Kunci : real time PCR, HIV, pneumocystis jirovecii.

Page 1 of 3 | Total Record : 25

 1   2   3 

Filter by Year

2017 2018


Reset
Filter By Issues
All Issue Vol 2, No 1 (2018): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 2 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 2 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 1 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity Vol 1, No 1 (2017): Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity