Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi ekologi makroalga dan lamun seperti persentase penutupan, kerapatan, komposisi jenis serta asosiasi makroalga dengan lamun di Perairan Pulau Panjang. Penelitian ini dilaksanakan, pada Bulan Desember 2016 ? April 2017 bertempat di perairan Pulau Panjang. Dalam penelitian ini digunakan metode transek kuadrat secara sistematis sampling pada ekosistem lamun. Transek kuadrat yang digunakan adalah transek kuadrat berukuran 0,5 x 0,5 m dengan masing-masing 6 stasiun yang terdiri 3 sub stasiun dan masing-masing sub stasiun terdiri dari 5 pengulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa di perairan Pulau Panjang ditemukan 13 jenis makroalga yakni : Hypnea pannosa, Halimeda simulans, Padina boergensenii, Halimeda opantia, Cystoseira sp, Caulerpa sp, Halimeda cylindraca, hypnea sp, Codium sp dan Clorodesmis fastigiata, Sargassum sp, Avrainvillea ercta, Amphiroa sp, dan Caulerpa sp, sedangkan jenis lamun yang ditemukan ada 6 jenis yakni : Cymodocea rotundata, Thalassia hemprichi, Halophila ovalis, Halodule uninervis, Syringodium isoetifolium dan Enhalus acoroides. Kerapatan makroalga yang ditemukan berkisar 10.4 tegakan/m2, sedangkan lamun terdapat pada jenis Thalassia hemprichi dengan kisaran antara 634 tegakan/m2. Penutupan makroalga dan lamun pada perairan Pulau Panjang termasuk dalam kondisi baik/kaya. Asosiasi makroalga dengan lamun yang didapatkan di perairan Pulau Panjang yaitu bernilai negatif artinya saling berkompetensi (bersaing).