Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan pembelajaran PBL dan Discovery Learning terhadap pemahaman siswa pada sistem reproduksi tumbuhan dan hewan. Penelitian dilakukan di SMP.IT Al Fariida dan SMP.IT Luqman Al Hakim Desa Jampang Kecamatan Kemang Kabupaten Bogor. Dalam penelitian ini digunakan metode deskriptif kuantitatif dengan pendekatan studi eksperimendua variabel hasil tes (Y1 dan Y2) dari pemahaman siswa yang belajar dengan model PBL (X1) dan hasil tes dari pemahaman siswa yang belajar dengan model Discovery Learning (X2). Data kedua variabel hasil tes dideskripsikan melalui frekuensi kelas interval data dan nilai-nilai terpusat, yaitu modus (Mo), median (Md), mean (Me) dan nilai simpangan baku (S). Perbedaan pembelajaran PBL dan Discovery Learning diketahui melalui Uji t-perbedaan. Ukuran sampel sebanyak 30 siswa kelas IX SMP.IT Al Fariida dan 30 siswa kelas IX SMP.IT Luqman Al Hakim. Instrumen tes dalam bentuk soal pilihan ganda sebanyak 30 butir soal. Berdasarkan hasil analisis data diperoleh bahwa terdapat perbedaan model pembelajaran PBL dan discovery learning terhadap pemahaman siswa pada sistem reproduksi tumbuhan dan hewan. Dapat disimpulkan bahwa PBL lebih efektif dibandingkan Discovery Learning dengan indikasi meningkatnya motivasi, pengalaman dan pengetahuan serta kemampuan siswa dalam memecahkan permasalahan.Kata kunci : Problem Based Learning (PBL), Discovery Learning, Pemahaman siswa, Instrumen tes.