Penelitian ini merupakan studi komparasi dengan menguji faktor-faktor yang mempengaruhi kinerja Bank Umum Syariah (BUS) dan Bank Pembiayaan Rakyat Syariah (BPRS) di Indonesia. Faktor-faktor yang di uji meliputi variabel risiko pembiayaan (NPF), kualitas aktiva produktif (KAP), tingkat perputaran piutang (ART), dana pihak ketiga (DPK), volume pembiayaan (FDR) sebagai variabel independen dan rentabilitas (NOM) sebagai variabel dependen, serta total aset sebagai variabel kontrol. Data yang digunakan dalam penelitian ini diperoleh dari Laporan Keuangan Triwulanan Bank Umum Syariah dan BPR Syariah periode 2011-2013. Teknik sampling yang digunakan adalah purposive sampling. Sampel dalam penelitian ini terdiri dari 5 (lima) Bank Umum Syariah dan 25 (dua puluh lima) BPR Syariah. Teknik analisis data yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis regresi linier berganda dan uji chow dimana sebelumnya data telah diuji dengan pengujian asumsi klasik meliputi uji normalitas, heteroskedastisitas, multikolinieritas dan autokorelasi. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa NPF dan DPK tidak berpengaruh terhadap tingkat rentabilitas (NOM), sedangkan KAP, perputaran piutang (ART), dan volume pembiayaan (FDR) berpengaruh terhadap tingkat rentabilitas (NOM) pada bank umum syariah. Sedangkan hasil analisis data yang telah dilakukan pada BPR Syariah menunjukkan bahwa risiko pembiayaan (NPF), kualitas aktiva produktif (KAP), perputaran piutang (ART), dana pihak ketiga (DPK), dan volume pembiayaan (FDR) tidak berpengaruh terhadap tingkat rentabilitas (NOM) pada BPRS. Berdasarkan hasil uji chow bahwa model regresi pada bank umum syraiah dan BPRS adalah sama, dengan demikian hubungan antara setiap variabel untuk masing-masing model regresi mempunyai pengaruh yang sama dan dalam katageri sejenis yaitu syariah.