Pengelolaan pembelajaran al-Qur’an bagi para siswa SMP bukan sesuatu yang mudah. Hal ini didasari masih banyak muslim di Indonesia terutama usia SMP yang buta huruf al-Quran. Tujuan penelitian ini menganalisis implementasi manajemen pembelajaran al-Qur’an dalam meningkatkan mutu lulusan SMP, yaitu; 1) perencanaan, 2) pengorganisasian, 3) pelaksanaan, 4) pengawasan dan evaluasi, 5) hambatan, dan 6) solusi. Menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode studi deskriptif di SMPIT al-Ukhuwah Boarding School Subang dan SMP al-Qur’an Ma’rifatussalaam Boarding School Subang. Subyek penelitian adalah Kepala Sekolah, Kepala Pondok, Wakil Kepala Sekolah urusan Kurikulum, Wakil Kepala Sekolah urusan Kepesantrenan, Koordinator al-Qur’an, dan Guru al-Quran. Pengumpulan data menggunakan model Miles dan Huberman, yaitu pengumpulan data, reduksi data, penyajian data dan menarik kesimpulan. Pengecekan keabsahan data melalui triangulasi, kredibilitas, dan konfirmabilitas. Hasil dari penelitian menunjukan bahwa: 1) Perencanaan, meliputi; alokasi waktu dan pekan efektif, program tahunan, program semesteran, silabus pembelajaran, Rencana Pelaksanaan Pembelajaran (RPP) dan Kriteria Ketuntasan Minimal (KKM). 2) Pengorganisasian meliputi; pengelompokan siswa, pengelolaan kelas, pengelolaan guru, dan jadwal pembelajaran. 3) Pelaksanaan meliputi; pendahuluan, kegiatan inti dan kegiatan akhir dengan menggunakan metode Ummi. 4) Pengawasan dan Evaluasi meliputi; supervisi, evaluasi, penilaian formatif dan sumatif. 5) Hambatan yang ditemukan diantaranya; belum adanya silabus mandiri dan RPP, standarisasi guru al-Qur’an, dan belum tercapainya target silabus secara keseluruhan yang telah ditetapkan. 6) Alternatif solusi untuk mengatasi hambatan; setiap guru al-Qu’an diwajibkan membuat RPP sebagai pedoman dalam pembelajaran, peningkatan kompetensi guru secara rutin, pengayaan dan memilih metode yang tepat, serta penambahan jam pembelajaran al-Qur’an secara privat terutama bagi siswa yang sangat kurang.Kata Kunci : Manajemen Pembelajaran, Pembelajaran al-Qur’an, Mutu Lulusan