Infeksi virus hepatitis C (HCV) merupakan penyebab utama penyakit hati kronis di seluruh dunia. Polisakarida dari mikroalga memiliki kemampuan melawan infeksi HCV. Ekstrak mikroalga BTM 11 mampu melawan HCV dengan cara menghambat RNA helikase. Penelitian ini ditujukan untukmemurnikan polisakarida dari ekstrak mikroalga BTM 11. Tahapan penelitian ini meliputi isolasi RNA helikase HCV dari bakteri Escherichia coli BL21 (DE3) pLyss yang membawa gen NS3 helikase dalam plasmid pET 21b menggunakan kromatografi afinitas, dan pemurnian polisakarida dari mikroalga BTM 11 dengan kromatografi gel filtrasi dan ion-exchange. Aktivitas inhibitor diketahui dari besarnya aktivitas ATPase yang dimiliki oleh RNA helikase. Analisis SDS-PAGE menunjukkan RNA helikase terpurifikasi dengan bobot molekul 54 kDa. Kromatografi gel filtrasi menghasilkan fraksi aktif polisakarida inhibitor RNA helikase dengan aktivitas sebesar 78,76% dan kandungan gula sebesar 2,97 mg/mL, sedangkan kromatografi ion-exchange memiliki aktivitas polisakarida inhibitor sebesar 74,6% dengan kandungan gula sebesar 3,21 mg/ mL. Profil inhibitor pada kromatografi lapis tipis (KLT) menunjukkan satu spotsenyawa aktif, namun hasil kromatografi cair kinerja tinggi (KCKT) diperoleh tiga puncak senyawa yang menunjukkan bahwa hasil fraksi polisakarida inhibitor belum murni.