Hewan kelinci dalam bisnis peternakan merupakan sektor bisnis yang bisa dikatakan menjanjikan. modal untuk beternak kelinci tidaklah besar, pemeliharaan mudah, tidak membutuhkan lahan yang luas bahkan pakan pun tidak terlalu sulit dan mahal, karena bisa memanfaatkan pakan hijauan dan limbah pertanian/pangan yang ada di sekitar lingkungan peternak. Bisnis ternak kelinci memang sangat menguntungkan, akan tetapi bisnis ini bukan tanpa kendala. Begitu banyak kendala yang ditemui dilapangan, menurut data yang diambil di Dinas Peternakan Purworejo. Banyaknya kendala yang dapat diatasi seperti perawatan, penanganan penyakit dan solusinya, akan tetapi tidak sedikit pula yang tidak dapat diatasi seperti jarak lokasi peternak dengan Dinas Peternakan jauh dan kurangnya penyuluhan tentang penyakit beserta solusinya kepeternak, pada akhirnya menyebabkan peternak Kelinci merugi. Salah satu yang menyebabkan peternak merugi menurut penulusuran Dinas Peternakan Purworejo yaitu di karenakan penyakit.Penelitian mengenai pendiagnosaan penyakit kelinci yang dilakukan menggunakan metode penelusuran fakta Forward Chaining dan metode kepastian Theorema Bayes. Tahap pengembangan aplikasi diawali dengan tahap analisis dan definisi persyaratan yang menghasilkan rekayasa pengetahuan, kebutuhan data dan kebutuhan sistem. Tahap kedua yaitu perancangan sistem dan perangkat lunak yang menghasilkan perancangan proses yaitu Diagram Konteks, Diagram Alir Data, Entity Relationship Diagram, Mapping Table, Rancangan tabel dan perancangan menu dan antarmuka. Tahap ketiga yaitu implementasi dan pengujian unit dengan menggunakan XAMPP, Macromedia Dreamweaver 8 dan Microsoft Office Access 2007. Tahap selanjutnya adalah integrasi dan pengujian sistem menggunakan Alpha Test dan Blackbox Test.Dari pengujian yang dilakukan menghasilkan Sistem Pakar Berbasis Web untuk mendiagnosa Penyakit Kelinci yang dapat bekerja seperti layaknya seorang dokter hewan. Informasi yang dihasilkan adalah nama penyakit, definisi, penyebab, gejala-gejala yang menyertai, keterangan penyakit, solusi pengobatan, dan probabilitas penyakit.Kata Kunci : Sistem Pakar, Penyakit Kelinci, Theorema Bayes.