Setiap peserta Jaminan Kesehatan Nasional (JKN) berhak untuk memperoleh pelayanankesehatan secara menyeluruh, berjenjang, efektif, dan efisien sehingga Fasilitas KesehatanTingkat Pertama (FKTP) dan Fasilitas Kesehatan Rujukan Tingkat Lanjut (FKRTL) wajibmenerapkan sistem rujukan berjenjang. Nilai rasio rujukan pasien peserta JKN di UPT.Pelayanan Kesehatan Universitas Jember pada bulan Januari-November 2015 yaitu37,22% dan meningkat menjadi 39,2% hingga bulan Desember 2015 atau melebihi nilairasio rujukan optimal sebesar 10%. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pelaksanaanSistem Rujukan Berjenjang dalam Program JKN di UPT. Pelayanan Kesehatan UniversitasJember. Jenis penelitian ini adalah deskriptif dengan pendekatan kualitatif. Hasil penelitian menjelaskan bahwa, ketersediaan dokter belum mencukupi apabila dilihat dari statusdokter yang bukan dokter tetap karena apabila semua dokter tidak bisa hadir untukmemberikan pelayanan kesehatan maka poli umum terpaksa akan ditutup. Ketersediaanobat dan alat kesehatan kurang mencukupi karena tidak selengkap pada FormulariumNasional dan Kompendium Alat Kesehatan. Diagnosis penyakit yang banyak dirujukterutama Diabetes Melitus tanpa komplikasi maupun dengan komplikasi dan hipertensiesensial yang merupakan kompetensi FKTP. Pasien peserta JKN yang dirujuk tidaksemuanya membutuhkan pelayanan kesehatan spesialistik/subspesialistik serta masihterdapat pasien yang meminta dirujuk dengan alasan terutama sugesti pasien yang lebihmempercayai kompetensi dokter spesialis. Kata kunci: JKN, FKTP, Sistem Rujukan