Salah satu faktor yang menghambat proses penerimaan dan asimilasi pengetahuan-pengetahuan baru dalam diri siswa adalah miskonsepsi. Penelitian ini berupaya mengidentifikasi miskonsepsi siswa pada konsep sistem reproduksi manusia di kelas XI IPA SMA Unggul Ali Hasjmy Kabupaten Aceh Besar. Secara khusus penelitian ini bertujuan mengetahui (1) ada tidaknya miskonsepsi dan (2) subkonsep paling sering terjadi miskonsepsi pada siswa kelas XI IPA Ali Hasjmy Kabupaten Aceh Besar. Pendekatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah pendekatan kualitatif, sedangkan jenis penelitian adalah deskripstif. Subjek penelitian ini adalah seluruh siswa kelas XI IPA SMA Unggul Ali Hasjmy tahun pelajaran 2015/2016 yang berjumlah 50 orang. Pengumpulan data dilakukan dengan teknik tes diagnostik yang dilengkapi dengan CRI (Certainty of Response Index) dan wawancara. Wawancara bertujuan mengetahui bagaimana dan mengapa siswa berfikir seperti itu serta dari mana mendapatkan konsep dari jawaban yang telah dipilih. Pengolahan data menggunakan teknik perhitungan persentase. Hasil analisis data menunjukkan bahwa rata-rata tingkat LG (Lucky Guess) sebanyak 15,59%, TK (Tahu Konsep) sebanyak 15,94%, TTK (Tidak Tahu Konsep) sebanyak 36,16%, dan jawaban M (Miskonsepsi) siswa sebanyak 32,27%. Persentase miskonsepsi tertinggi terdapat pada kelompok subkonsep alat kontrasepsi (48,66%). Faktor utama penyebab terjadinya miskonsepsi siswa bersumber dari pemikiran sendiri (intuisi) dan buku teks. Simpulan penelitian ini adalah (1) adanya miskonsepsi pada konsep sistem reproduksi manusia di SMA Unggul Ali Hasjmy Kabupaten Aceh Besar dan (2) subkonsep paling sering terjadi miskonsepsi adalah struktur dan fungsi organ reproduksi manusia, fertilisasi, dan alat kontrasepsi.