Proses pembelajaran Nasional menerapkan Kurikulum 2013 dengan tujuan yaitu mengembangkan kemampuan berpikir tingkat tinggi. Hal ini sesuai dengan pembelajaran abad ke 21, yaitu peserta didik dituntut untuk dapat mengaitkan antara materi pelajaran dengan kehidupan nyata melalui kemampuan literasi sains. Hasil survey dan data menunjukkan bahwa tingkat literasi peserta didik di Indonesia masih pada kemampuan yang rendah sehingga perlu adanya perbaikan dalam pembelajaran salah satunya melalui pemilihan bahan ajar. Penggunaan E-book ini diharapkan dapat membantu peserta didik untuk melatih meningkatkan keterampilan literasi sains. Tujuan penelitian ini adalah memberikan kemudahan kepada peserta didik memiliki E-book pada materi ekosistem dan menggunakannya dalam kegiatan pembelajaran. Penelitian ini menggunakan metode pengembangan 4D yakni Pendefinisian, Perencanaan, Pengembangan, namun tanpa Penyebaran. Tahap pengembangan E-book dilakukan di Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Surabaya, uji coba terbatas dilaksanakan di SMAN 1 Waru dengan melibatkan 20 peserta didik kelas X melalui aplikasi Google Meet. Instrumen pengumpulan data terdiri dari lembar validasi dan lembar angket respon peserta didik. Metode pengumpulan data yaitu validasi oleh dosen ahli pendidikan, dosen ahli materi dan guru biologi, serta angket respon peserta didik. Data penelitian dianalisis secara deskriptif kuantitatif. Kelayakan secaa teoritis E-book sebesar 94,91% sehingga dikategorikan sangat valid, kelayakan secara empiris E-book memperoleh persentase sebesar 97,46% sehingga dikategorikan sangat layak. E-book berbasis inkuiri yang telah dikembangkan memiliki fitur-fitur yang menarik sehingga dapat membantu dalam proses pemahaman belajar bagi peserta didik dan pembelajaran biologi di sekolah.