Dalam beberapa tahun terakhir, sistem komunikasi akustik bawah air banyak dikembangkan oleh beberapa peneliti. Besarnya tantangan yang dihadapi membuat para peneliti semakin tertarik untuk mengembangkan penelitian dibidang ini. Kanal bawah air merupakan media komunikasi yang sulit karena adanya attenuasi, absorption, dan multipath yang disebabkan oleh gerakan gelombang air setiap saat. Untuk perairan dangkal, multipath disebabkan adanya pantulan dari permukaan dan dasar laut. Kebutuhan pengiriman data cepat dengan bandwidth terbatas menjadikan Ortogonal Frequency Division Multiplexing (OFDM) sebagai solusi untuk komunikasi transmisi tinggi dengan modulasi menggunakan Binary Phase-Shift Keying (BPSK). Estimasi kanal bertujuan untuk mengetahui karakteristik respon impuls kanal propagasi dengan mengirimkan pilot simbol. Pada estimasi kanal menggunakan metode Least Square (LS) nilai Mean Square Error (MSE) yang diperoleh cenderung lebih besar dari metode estimasi kanal menggunakan metode Minimum Mean Square (MMSE). Hasil kinerja estimasi kanal berdasarkan perhitungan Bit Error Rate (BER) untuk estimasi kanal menggunakan metode LS dan metode MMSE tidak menunjukkan perbedaan yang signifikan yaitu berselisih satu SNR untuk setiap metode estimasi kanal yang digunakan.