Hernawan Y Rahmadi
Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Published : 2 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search

Konservasi Sumber Daya Genetik Pisifera: Kalogenesis Kelapa Sawit Keturunan SP540T yang berumur 41 tahun Ernayunita Ernayunita; Sri Wening; Hernawan Y Rahmadi; Yurna Yenni; Taryono Taryono
Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Vol 29 No 2 (2021): Jurnal Peneltian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.jur.jpks.v29i2.147

Abstract

Kelapa sawit turunan SP540T telah banyak digunakan untuk tujuan pemuliaan maupun produksi komersial varietas unggul kelapa sawit. Oleh karena itu, konservasi sumber daya genetik SP540T sangat diperlukan, salah satunya melalui kultur jaringan yang dapat menghasilkan tanaman yang true to type. Media kultur jaringan yang digunakan dalam penelitian ini adalah modifikasi MS diantaranya media MS+110,5 mg/l 2,4-D, media MS+110,5 mg/l 2,4-D+karbon aktif, dan media MS modifikasi Protokol Kultur Jaringan PPKS sebagai pembanding. Hasil penelitian menunjukkan pembentukan kalus primer dan sekunder terbaik teramati pada perlakuan MS+110,5 mg/l 2,4D+karbon aktif yaitu sebesar 13,00% dan berbeda nyata dibandingkan perlakuan lainnya. Berdasarkan hasil penelitian ini, media tersebut dapat digunakan untuk perbanyakan maupun konservasi sumber daya genetik SP540T.
Identifikasi SNP genom pada populasi Elaeis guineensis x Elaeis oleifera Sri Wening; Heri Adriwan Siregar; Edy Suprianto; Dani Setyawan; Hernawan Y Rahmadi; Retno Diah Setiowati; Mohamad Arif; Yurna Yenni; Nanang Supena; Sujadi Sujadi; Abdul Razak Purba
Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Vol 29 No 2 (2021): Jurnal Peneltian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.jur.jpks.v29i2.148

Abstract

Usaha pencarian marka DNA yang berhubungan dengan sifat yang diinginkan pada Elaeis oleifera guna introgresi sifat tersebut ke genome Elaeis guineensis memerlukan marka DNA yang polimorfik. Untuk menghasilkan marka DNA yang polimorfik dengan jumlah banyak, identifikasi SNP genom dilakukan melalui pengurutan kembali (resequencing) 12 individu contoh populasi hibrida E. guineensis x E. oleifera (hibrida OxG), yaitu E. oleifera tipe liar, F1 hibrida interspesifik, pseudo-backcross dan material maju E. guineensis, menggunakan next generation sequencing (NGS). Read (urutan basa yang “dibaca”/merupakan keluaran mesin NGS) dari 12 contoh memiliki mutu yang baik dan 96% total read yang disaring dapat dilakukan demultipleks dan ditentukan pada contoh yang sesuai. Setelah proses penyaringan dan pemotongan, 84% read dapat digunakan untuk pemetaan genom dan menghasilkan 5,7X hingga 10,42X cakupan genom. Dari 34.410.224 SNP yang teridentifikasi, 98,7% diantaranya adalah varian non-coding, dan berdasarkan lokasi, 69,1% total SNP adalah SNP intergenic. Sebanyak 5.618 SNP dari total SNP yang dihasilkan dibuktikan menggunakan targeted genotyping by sequencing pada 500 individu contoh. Sebanyak 74% SNP yang digunakan bermutu tinggi yang dibaca pada setidaknya 95% contoh. Principal component analysis menggunakan SNP tersebut mampu mengidentifikasi setiap latar belakang genetik contoh. Pembuktian tersebut menyimpulkan bahwa identifikasi SNP yang dilakukan melalui pengurutan kembali menghasilkan SNP bermutu tinggi yang dapat digunakan untuk pengembangan marka DNA yang dapat diperbantukan pada seleksi populasi pemuliaan E. guineensis x E. oleifera.