Komar Sumantadinata
Departemen Budidaya Perairan-FPIK, Institut Pertanian Bogor

Published : 3 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search

KLONING cDNA HORMON PERTUMBUHAN DARI IKAN GURAME (Osphronemus gouramy) Estu Nugroho; Alimuddin Alimuddin; Anang Hari Kristanto; Odang Carman; Novi Megawati; Komar Sumantadinata
Jurnal Riset Akuakultur Vol 3, No 2 (2008): (Agustus 2008)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (965.684 KB) | DOI: 10.15578/jra.3.2.2008.183-190

Abstract

Penelitian mengenai kloning cDNA pengkode hormon pertumbuhan ikan gurame telah dilakukan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh sekuens DNA komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetik ikan gurame. Empat buah kelenjar hifopisa ikan gurame digunakan sebagai bahan bakunya dan dilakukan proses ekstraksi RNA total dari kelenjar hipofisa, dilanjutkan dengan sintesis cDNA, amplifikasi PCR, purifikasi fragmen DNA dari gel, ligasi produk PCR dengan vektor kloning, transformasi dan inkubasi bakteri, seleksi koloni bakteri putih, isolasi plasmid, dan sekuensing. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa panjang produk amplifikasi PCR adalah 843 bp yang menyandikan 204 asam amino residu dan mengandung sekuens-sekuens yang konserf untuk gen hormon pertumbuhan (GH). Analisis homologi menunjukkan kesamaan sekuens hasil isolasi antara 52,4%--97,6% dengan gen GH ikan lainnya, dengan persentase homologi tertinggi adalah dengan ikan sepat. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa sekuens hasil isolasi merupakan sekuens gen GH. Dari hasil analisis sekuens terlihat bahwa gen GH ikan gurame secara evolusi adalah konserf.Research on cDNA cloning encoded the gouramy growth hormone was conducted. The aim of the research was to get complementary DNA, cDNA, sequences of growth hormone as an initial step to develop genetic engineering of gouramy fish. Four pituitary glands of the gouramy were taken and then processed with total RNA extraction, and continued with cDNA synthesis, PCR amplification, DNA fragment purification from the gel, PCR product legation with cloning vector, transformation and incubation of bacteria, white colony bacteria selection, plasmid isolation and sequencing analysis. Sequencing result showed that the amplified PCR product length had 834 bp, encoding 204 amino acid residue and contained conserve sequence for GH (growth hormone) gen. Homolog analysis showed sequence similarity of isolated result between 52.4%—97.6% with other GHs with the highest percentage resulted from the Trichogaster pectoralis. From the sequence analysis showed that GH gen of gouramy at an evolutionary manner was conserve.
FILOGENETIK POPULASI UDANG JERBUNG (Fenneropenaeus merguiensis de Man) DI INDONESIA BERDASARKAN SEKUENS 16S-rRNA DNA MITOKONDRIA Eni Kusrini; Komar Sumantadinata; Wartono Hadie; Alimuddin Alimuddin; Achmad Sudradjat
Jurnal Riset Akuakultur Vol 3, No 2 (2008): (Agustus 2008)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (893.036 KB) | DOI: 10.15578/jra.3.2.2008.191-198

Abstract

Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan stok udang jerbung Indonesia sebagai informasi dasar bagi program pemuliaan. Udang jerbung uji berasal dari Pantai Bengkulu, Selat Sunda (Banten), Pantai Cilacap (Jawa Tengah), Selat Lombok (NTB), dan Pontianak (Kalimantan Barat). Amplifikasi PCR dan sekuensing daerah 16S-rRNA DNA mitokondria dilakukan menggunakan primer 5’-CGCCTGTTTAAC-AAAAACAT-3’ dan 5’-CCGGTCTGAACTCAGATCATGT-3’. Hasil analisis homologi susunan nukleotida 16S-rRNA DNA mitokondria menunjukkan bahwa udang jerbung yang digunakan dalam penelitian merupakan Fenneropenaeus merguiensis. Hasil analisis kekerabatan menunjukkan bahwa 5 populasi udang jerbung uji dapat dibagi menjadi 2 kelompok besar, yaitu kelompok Kalimantan Barat dan kelompok Bengkulu-Banten-Jawa Tengah-NTB. Populasi udang jerbung Kalimantan dan Bengkulu masing-masing memiliki sekuens spesifik, yaitu ACTGACT dan C-GAC di terminal 5. Sekuens tersebut mungkin dapat digunakan sebagai penanda dalam program pemuliaan udang jerbung Indonesia.The experiment was conducted to understand the family relationship of banana prawn in Indonesia and to provide basic information for breeding program. Prawns were obtained from Bengkulu Coast, Sunda Strait (Banten), Cilacap Coast (Central Java), Lombok Strait (West Nusa Tenggara), Pontianak Coast (West Kalimantan). PCR amplification and sequencing of 16S-rRNA mitochondrial DNA region were performed using 5’-CGCCTGTTTAAC-AAAAACAT-3’ and 5’-CCGGTCTGAACTCAGATCATGT-3’. Analysis of homology sequences of 16S-rRNA mtDNA showed that banana prawn used in this study was Fenneropenaeus merguiensis. Result of family relationship analysis indicated that five populations of banana prawn can be divided into two groups, i.e. West Kalimantan and Bengkulu-Banten-Central Java-NTB groups. Banana prawns from West Kalimantan and Bengkulu have specific sequences at 5’ terminal, ACTGACT and C-GAC, respectively. Those sequences can potentially be used as marker in the breeding program of banana prawn in Indonesia.
EFEKTIVITAS PROMOTER b-ACTIN IKAN MEDAKA (Oryzias latipes) DENGAN PENANDA GEN hrGFP (HUMANIZED Renilla reniformis GREEN FLUORESCENT PROTEIN) PADA IKAN LELE (Clarias gariepinus) KETURUNAN F0 Muhammad Hunaina Fariduddin Ath-thar; Komar Sumantadinata; Alimuddin Alimuddin; Rudhy Gustiano
Jurnal Riset Akuakultur Vol 3, No 2 (2008): (Agustus 2008)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1084.236 KB) | DOI: 10.15578/jra.3.2.2008.199-207

Abstract

Promoter merupakan salah satu faktor penentu dalam teknologi transgenesis. Pada penelitian ini efektivitas promoter b-actin ikan medaka diuji pada telur ikan lele fase 1 sel dan 2 sel. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pengembangbiakan dan Genetika Ikan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung selama 3 bulan. Insersi promoter dilakukan dengan cara menginjeksi telur hasil pemijahan buatan dengan plasmid DNA pmb-actin–hrGFP pada fase telur 1 sel dan 2 sel. Konsentrasi DNA yang digunakan adalah 20 µg/mL. Perkembangan embrio diamati pada 8, 12, 16, 20, 24 jam setelah gen disuntikkan serta 4 dan 8 jam setelah telur menetas. Derajat sintasan embrio (DKH), derajat penetasan (DP), dan persentase embrio mengekspresikan transgen (PEMT) dicatat selama pengamatan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa promoter b-actin ikan medaka aktif pada ikan lele, dengan adanya ekspresi gen hrGFP pada embrio setelah 8, 12, 16, 20, 24 jam setelah penyuntikan serta 4 dan 8 jam setelah telur menetas. Nilai DKHkontrol pada jam ke-24 adalah 97,1% dan untuk DKHinjeksi pada jam ke-24 adalah 85,7%. Untuk PEMT pada telur yang disuntik pada fase 1 sel mempunyai persentase yang lebih tinggi (66,7%) dibanding telur yang disuntik pada fase 2 sel (50,0%). Derajat penetasan memperlihatkan bahwa jumlah telur untuk penyuntikan pada fase 1 sel lebih tinggi (93,3%) dibanding dengan yang disuntik pada fase 2 sel (55,0%). Total jumlah telur yang berhasil disuntik adalah 35 butir dan yang terekspresi sebanyak 20 butir (57,1%).Promoter is one of the most important factors in transgenic. In this study, effectiveness of b-actine of medaka (Oryzias latipes) was examined in the eggs of walking catfish at the first cleavage and two cell stage. The experiment was carried out in the Laboratory of Fish Genetic, Fac. of Fisheries, Bogor Agricultural University for three months. Promoter was inserted by injecting artificial fertilization eggs with DNA pmb-actin–hrGFP plasmid. DNA concentration was 20 µg/mL. Eggs development were observed at 8, 12, 16, 20, 24 hours after injection, 4 and 8 hours after hatching. The result showed that b-actin promoter was active on embryo targets indicated by expression of hrGFP gene after 8, 12, 16, 20, 24 hours after injection as well as 4 and 8 hours after hatching. Survival rate within 24 hours were 97.1% for control and 85.7% for injected eggs. Successful of injection was higher on the first cleavage stage (66.7%) than that of on the two stage cell (50.0%). Hatching rate was also higher on the first cleavage (93.3%) than that of on the two cell stage (55.0%). Total number of eggs injected succesfully was 35 eggs with 57.1% of them containing foreign genes.