Pembelajaran IPA masih bersifat konseptual, teoretis, dan hapalan melalui buku, masih adanya kecenderungan pembelajaran berpusat pada guru, dan siswa tidak dibiasakan menyusun simpulan pembelajaran serta mengomunikasikan hasilnya dengan benar. Hal ini bermuara pada rendahnya hasil belajar IPA siswa. Penelitian ini bertujuan menganalisis model pembelajaran dan gender terhadap hasil belajar. Penelitian ini menggunakan jenis penelitian Quasi Experimental (Eksperimen Semu) menggunakan desain pretest posttest nonequivalent control group dengan pendekatan kuantitatif. Populasi dalam penelitian ini adalah siswa kelas VIII SMP dengan jumlah siswa 400 siswa. Penentuan sampel pada penelitian ini menggunakan teknik simple random sampling, yaitu menggunakan empat kelas sebagai sampel, dengan menetapkan dua kelas sebagai kelompok eksperimen dan dua kelas sebagai kelompok kontrol dengan jumlah 80 orang siswa. Data dalam penelitian ini dikumpulkan dengan tes. Data dianalisis dengan menggunakan desain analisis faktorial 2×2 dengan uji Anacova Dua Jalur. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan hasil belajar siswa pada kelompok model pembelajaran dengan nilai statistic F = 130,35 dan nilai signifikan sebesar 0,00. Terdapat interaksi gender terhadap hasil belajar IPA dengan nilai statistic F= 11,714 nilai signifikan sebesar 0,001, dan terdapat pengaruh interaktif antara model pembelajaran dan gender terhadap hasil belajar IPA dengan nilai statistic F = 4,883 dan nilai signifikan sebesar 0,029. Maka, model pembelajaran inkuiri terbimbing lebih efektif untuk meningkatkan hasil belajar IPA siswa.