Sagu (Metroxylon sagu) tumbuh secara alami dan menyebar di Bagian Timur Indonesia digunakan sebagai sumber makanan alternatif non-beras dan dapat diolah menjadi bioetanol. Perkebunan sagu rakyat sebagian besar dibudidayakan secara alami dan tidak ada aktivitas budidaya yang intensif sehingga memiliki tingkat keragaman flora dan fauna yang masih tinggi. Interaksi mikroba dan tanaman dapat bersifat simbiosis mutualisme dengan membantu tanaman mendapatkan unsur hara dan sebagai anti mikroba bagi patogen yang merugikan tanaman inangnya. Tujuan penelitian ini untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri filosfer, rizosfer, dan endofit dari tanaman sagu, serta mengetahui potensinya sebagai agens pengendali patogen Fusarium sp. Pengambilan sampel dari pertanaman sagu di Kec. Wasuponda, Kab. Luwu Timur, Provinsi Sulawesi Selatan. Isolasi bakteri dilakukan terhadap bakteri endofit, filosfer dan rizosfer sagu. Karakterisasi bakteri dilakukan dengan uji gram, pelarut fosfat, agen antagonis, uji agar darah dan hipersensitif. Sebanyak 34 isolat didapat dari tanaman sagu sebagai bakteri endofit, filosfer dan rizosfer. Sebagian besar bakteri tidak tergolong sebagai patogen pada manusia, hewan atau tanaman. Terdapat 8 isolat bakteri yang memiliki kemampuan sebagai bakteri pelarut fosfat. Bakteri filosfer dengan kode isolat 21 memiliki kemampuan penghambatan terbesar yaitu 40% terhadap patogen Fusarium sp. yang berpotensi untuk dikembangkan sebagai agen pengendali hayati.