Plankton dan bentos sangat penting peranannya karena dapat dijadikan sebagai bioindikator. Kelompok ini dapat menjadi indikator kesehatan lingkungan. Pengambilan sampel dilakukan di muara sungai Tamanroya di Desa Parak, Kabupaten Kepulauan Selayar pada bulan Juli 2020. Sampel plankton diambil dengan cara menyaring air dengan menggunakan plankton net. Sampel bentos diambil secara random dengan menggunakan plot ukuran 1x1 m2 pada lokasi penelitian. Analisis yang dilakukan yaitu indeks keanekaragaman, indeks keseragaman, dan indeks dominansi. Indeks keanekaragaman menunjukkan nilai stabil (H’= 2,608), indeks keseragaman menunjukkan nilai mendekati 1 (E = 0,843), dan indeks dominansi mendekati 0 (C = 0,127) pada kelompok fitoplankton. Indeks keanekaragaman menunjukkan nilai sedang (H’= 1,480), indeks keseragaman menunjukkan nilai mendekati 1 (0,920), dan indeks dominansi mendekati 0 (C = 0,253) pada kelompok zooplankton. Indeks keanekaragaman menunjukkan nilai rendah (H’= 0,283), indeks keseragaman menunjukkan nilai mendekati 1 (C = 0,905), dan indeks dominansi mendekati 0 (E = 0,283)pada kelompok bentos. Kondisi muara sungai Tamanroya tergolong belum tercemar berdasarkan indeks keanekaragaman plankton. Jika berdasarkan nilai indeks keanekaragaman bentos, maka tergolong tercemar berat.