Pondok Pesantren Waria Al-Fatah didirikan dengan tujuan sebagai wadah untuk para santri waria dapat memperbaiki diri dan memberikan pemahaman tentang agama. Meskipun pembangunan pesantren ini bertujuan baik, pada dasarnya kelompok waria adalah kelompok yang rentan diskriminasi. Sehingga beberapa oknum masyarakat menganggap pondok pesantren waria ini sebagai bentuk penyelewengan terhadap kegiatan beribadah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui viktimisasi terhadap waria korban diskriminasi serta bagaimana memberikan perlindungan hukum terhadap waria di pondok pesantren tersebut. Metode penelitian yang digunakan adalah metode penelitian normatif-empiris. Penelitian ini menggunakan teori viktimologi dan transgender serta konsep diskriminasi dan labeling sebagai kerangka konseptual. Hasil penelitian menunjukkan beberapa jenis viktimisasi yang terjadi kepada waria di Pondok Pesantren Waria Al-Fatah seperti persekusi pembubaran pondok pesantren, diskriminasi persoalan ibadah, kekerasan seksual, kekerasan verbal, dan diskriminasi pekerjaan. Viktimisasi sekunder juga terjadi kepada waria dikarenakan adanya homophobia dari masyarakat maupun aparat penegak hukum. Upaya perlindungan hukum terhadap kaum minoritas dalam hal ini waria telah diupayakan oleh berbagai macam organisasi masyarakat pro-waria seperti IWAYA dan KEBAYA.