Peran masyarakat lokal dapat memecahkan masalah krisis lingkungan hidup dan kemiskinan. Adapun salah satu program kehutanan yang melibatkan peran serta masyarakat melalui kelembagaan lokal adalah hutan produksi. Bentuk pengelolaan lahan pada program tersebut menggunakan pola tanam agroforestri. Agroforestri dikembangkan untuk memberi manfaat kepada manusia atau meningkatkan kesejahteraan masyarakat. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi dan memperoleh isolat bakteri metanotrof yang selanjutnya dapat dijadikan sebagai agen hayati dalam mendukung upaya penurunan emisi gas metan di kawasan sistem agroforestri. Metode penelitian ini yaitu melakukan isolasi bakteri metanotrof dari sampel tanah kelima petak di kawasan sistem agroforestri menggunakan media selektif NMS (Nitrate Mineral Salts). Koloni bakteri yang tumbuh diamati secara makroskopis (Warna, bentuk, ukuran, elevasi, topografi dan sifat optiknya), sifat biokimia (uji gram dan uji katalase), serta didukung dengan telusur pustaka untuk menentukan jenis bakterinya. Kelimpahan koloni bakteri metanotrof tertinggi terdapat pada isolat Hagr-3-B sebesar 6,9 X 103 , sedangkan kelimpahan koloni bakteri metanotrof terendah pada isolat Hagr-4-B dan Hagr-4-C, yaitu sebesar 1,0 X 104. Jenis bakteri metanotrof yang telah diidentifikasi yaitu Methylophilus sp., dan Methylobacterium sp. Bakteri metanotrof yang berhasil diidentifikasi tersebut merupakan bakteri kategori gram negatif (-) dan katalase positif (+).