Penelitian tentang studi filogeni dan uji potensi antibakteri serta enzim ekstraseluler isolat Geobacillus sp. dari sumber air panas gedongsongo telah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk menelusuri potensi Geobacillus sp. melalui konstruksi pohon filogeni serta mengetahui potensi-potensi molekulernya meliputi potensi antibakteri dan enzim ekstraselular xilanase dan selulase. Konstruksi pohon filogeni dilakukan menggunakan program Phylip 3.68 ed, metode Distance matriks (Neighbour joining) dengan parameter F48. Selain itu juga diuji potensi antibakteri dari metabolit sekunder Geobacillus sp. dYTae-14 dan dGae-3 dengan metode difusi perforasi terhadap Escherichia coli dan Bacillus subtilis. Uji enzim ekstraseluler xilanase dan selulase dilakukan secara kualitatif. Hasil konstruksi pohon filogeni menunjukkan bahwa kedelapan strain ini merupakan Geobacillus sp. khas Gedongsongo yang hubungan kekerabatannya sangat dekat satu sama lain dan mempunyai hubungan kekerabatan dengan bakteri Bacillus caldotenax strain BCRC 11956, Geobacillus kaustophilus subsp. Vulgivagus strain CDZ 1 dan Geobacillus thermoleovorans sp. Isolat Geobacillus sp. dYTae-14 dan dGae-3 yang diuji potensi antibakterinya tidak menunjukkan adanya potensi antibakteri terhadap Escherichia coli dan Bacillus subtilis. Kedelapan isolat Geobacillus sp. tidak menunjukkan potensi adanya enzim ekstraselluler xilanase dan selulase.