Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis dan persentase fitoplankton dalam lambung kerang mutiara Pinctada margaritifera di perairan Tanah Merah, Kupang Tengah. Penelitian ini dilakukan pada tanggal 5 Januari – 5 februari 2023. Metode penelitian yang digunakan adalah metode penelitian kualitatif deskripsi. Variabel yang diamati dalam penelitian ini yaitu identifikasi fitoplankton dan persentase fitoplankton dalam lambung kerang mutiara P. margaritifera, data identifikasi diperoleh dengan merujuk pada buku pedoman identifikasi plankton dari Yamaji (1982) “ Illustrations of the marine Plankton of Japan”, sedangkan data persentase fitoplankton di analisis menggunakan perangkat Microsoft excel, dan data penelitian disajikan dalam bentuk tabel dan gambar kemudian dibahas secara deskripsif. Hasil Penelitian menunjukkan jenis-jenis fitoplankton yang ditemukan dalam lambung kerang mutiara Pinctada margaritifera terdiri dari kelas Bacillariophyceae memilikin 6 genus yaiyu Rhizosolenia sp, Guardania deliculata, Navicula sp, Psudo-nitzschia sp, Surirella sp, Nitzschia sp., kelas Mediaophyceae memiliki 1 genus yaitu Eucampia zodiacus, kelas Dinophyceae memiliki 2 genus yaitu Prorocentrum sp., Protoperidinium sp., dan kelas Chlorophyceae memiliki 1 genus yaitu Pleurotaenium trabecula. Persentase fitoplankton dalam lambung kerang mutiara Pinctada margaritifera tertinggi dari genus Prorocentrum sp. 46,97%, Rhizosolenia sp. 35,48%, Pseudo-nitzschia sp. 7,39%, Navicula sp. 4,58%, Protoperidinium sp. 1,98%, Eucampia zodiacus 1,52%, Guinardia delicatula 1,28%, Nitzschia sp. 0,83%, Pleurotaenium trabecula 0,62%, Suriella sp. 0,39%Kata kunci : Fitoplankton, Pinctada margaritifera, Tanah Merah