Sejatinya Otonomi daerah merupakan modal penting pemerintah daerah untuk merumuskan kebijakan-kebijakan Strategis sesuai potensi daerah demi kesejahteraan warganya. Namun hal tersebut tidak digunakan dengan baik oleh setiap Pemerintahan daerah terutama berhubungan dengan perlindungan dan pengelolaan lingkungan, khususnya terhadap ijin mengeluarkan AMDAL pada setiap kegiatan/ usaha pertambangan yang wilayah eksplorasinya terdapat pada 2 (dua) daerah Kabupaten Kota, sehingga menjadi fokus permasalahan dalam penelitian ini ialah hubungan antar pemerintah daerah terhadap upaya dan kebijakan dalam perlindungan lingkangan hidup yang berkelanjutan. Untuk menjawab permasalahan di atas digunakan pisau analisis teori otonomi daerah dan lingkungan hidup sebagai sebuah konstitusi hijau dan ekoraki yang dikaji secara deskriptif dengan pendekatan normatif menurut UUD tahun 1945, undang-undang nomor 32 tahun 2009 tentang Perlindungan dan Pengelolaan Lingkungan Hidup serta undang-undang nomor 23 tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah. Sesuai hasil pembahasan, ternyata permasalahan yang demikian terjadi karena tidak adanya tanggung jawab pemerintah Provinsi Maluku Utara dalam upaya melindungi lingkungan hidup dengan asas otonomi serta masih terdapatnya dominasi kekuasaan antar tingkatan pemerintahan atau dengan kata lain ego sektoral masing-masing pemerintahan masih dominan, sehingga mengakibatkan ketidakharmonisan yang dapat berdampak kerusakan lingkungan serta merugikan masyarakat sekitar.