Bioscience
Vol 7, No 2 (2023): Biology

Specific primer design and optimization of annealing temperature for amplification gene peroxidase (POD) in Oryza sativa L.

Nella Fauziah (Universitas Negeri Padang)
Afifatul Achyar (Universitas Negeri Padang)
Zulyusri Zulyusri (Universitas Negeri Padang)
Yusni Atifah (Universitas Negeri Padang)
Linda Advinda (Universitas Negeri Padang)
Violita Violita (Universitas Negeri Padang)



Article Info

Publish Date
31 Oct 2023

Abstract

Peroksidase (POD) merupakan enzim antioksidan yang memiliki beragam fungsi dalam siklus hidup tanaman, salah satunya adalah sebagai pertahanan dalam melawan ROS dengan mengkatalisis konversi H2O2 menjadi udara dan O2 . Kemampuan aktifitas enzim POD dalam mengatur kandungan H2O2 memungkinkan enzim tersebut dapat mempertahankan tanaman dari cekaman. Metode yang dapat digunakan untuk amplifikasi gen POD salah satunya yaitu kuantitatif reverse transcription- PCR (qRT-PCR). Metode ini memerlukan beberapa komponen penting salah satunya yaitu primer ( forward dan reverse ). Primer yang digunakan dalam amplifikasi gen harus spesifik terhadap gen target sehingga dapat mengenali dan menempel pada gen target yang diinginkan. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer yang sesuai untuk amplifikasi gen POD menggunakan teknik qRT-PCR. Primer dirancang menggunakan perangkat PrimerQuest. Primer yang telah dirancang kemudian dianalisis untuk spesifikasinya dengan geneious prime . Kemudian spesifikasi primer di cek menggugakan primer BLAST. Hasil desain primer dengan kriteria terbaik untuk amplifikasi gen POD yaitu Forward POD 5'-AAATGCGTCGATCTACTGTACCT-3' dan Reverse POD 5'-GTGTTGAAAATGGCAATAAACCGG-3'

Copyrights © 2023






Journal Info

Abbrev

bioscience

Publisher

Subject

Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Immunology & microbiology

Description

Bioscience ISSN 2579-308X (Electronic) ISSN: 2614-669X (Print) is peer-reviewed journal and scientific journal publish by Universitas Negeri Padang. The aim of this journal is to publish articles dedicated to all aspects of the latest outstanding developments in the field of biology. Scope of ...