Penyakit moler yang disebabkan oleh Fusarium oxysporum f.sp.cepae merupakan penyakit utama bawangmerah yang selalu ditemukan di setiap daerah penanaman dengan intensitas penyakit yang bervariasi. Variasi inididuga berkaitan dengan variasi virulensi patogennya dan variasi ketahanan varietas bawang merah. Beberapaisolat patogen diuji pada beberapa varietas bawang merah untuk mengetahui variasi virulensinya dan ketahananbawang merah terhadap penyakit moler. Lima varietas bawang merah yaitu Tiron, Filip, Kuning, Thailan, danBiru diinokulasi dengan empat isolat patogen yang berasal dari Kulonprogo (isolat Kp), Bantul (isolat Bt),Brebes (isolat Br), dan Nganjuk (isolat Ng). Sebelum inokulasi dengan cara perendaman umbi bibit dalamsuspensi mikrokonidium patogen konsentrasi 106, umbi didisinfeksi dengan perendaman dalam kloroks 1%selama 1 menit, dicuci dengan akuades steril, dan dikeringanginkan semalam. Umbi yang sudah diinokulasikemudian ditanam dalam polibeg yang berisi medium tanam yang berupa campuran tanah:pupuk kandang sapi2:1 v/v. Isolat Bt menunjukkan virulensi yang lebih tinggi dibandingkan dengan 4 isolat yang lain pada semuavarietas bawang merah yang diuji. Isolat Bt menyebabkan penyakit dengan intensitas yang lebih tinggi, danmenyebabkan kematian total pada varietas Kuning. Varietas Filip dan Biru adalah varietas yang paling tahan,sebaliknya varietas Kuning adalah yang paling rentan terhadap penyakit moler.Kata kunci: variasi virulensi, Fusarium oxysporum f.sp.cepae, resistensi, bawang merah ABSTRACTMoler (shallot twisting disease) caused by Fusarium oxysporum f.sp.cepae is a major disease on shallotthat is always found in every shallot plantation with various disease intensity. The variation of disease intensitymay be related to variation of virulence of the pathogen and the resistance of shallot varieties. Several isolatesof the pathogen were tested on several shallot varieties to know the variation of their virulence as well as theresistance of the shallot varieties. Five varieties of shallot i.e. Tiron, Filip, Kuning, Thailan, and Biru wereinoculated with four isolates of the pathogen originated from Kulonprogo (Kp isolate), Bantul (Bt isolate),Brebes (Br isolate), and Nganjuk (Ng isolate). Before inoculation by deeping the bulbs in 106/ml microkonidiumsuspension for 30 minutes, the bulbs were disinfected with 1% NaOCl for about 1 minute, washed with sterilizedaquadest, and air dryed overnight. The inoculated bulbs were then planted in polybags containing plantingmedium of soil:organic fertilizer 2:1 v/v. Bt isolate showed the higher virulence compared to 4 other isolates onall varieties tested. The isolate gave the higher disease intensity, and it caused total plant death on Kuningvariety. Filip and Biru varieties were the most resistant, whilst Kuning variety was the most susceptible to thedisease.Key word: variation of virulence, Fusarium oxysporum f. sp. cepae, resistance, shallot