Anemia defisiensi besi dan thalassemia memiliki gambaran morfologi darah hipokrom yang sama, oleh karena itu perlu dibedakan dengan dilakukannya sebuah pemeriksaan. Tujuan menggunakan menzter indeks untuk membedakan dan mendeteksi subyek yang memerlukan tindak lanjut yang tepat dan untuk mengurangi biaya yang tidak perlu. Diagnosis banding antara anemia defisiensi besi dan thalassemia didasarkan pada hasil HbA2 elektroforesis, kadar status besi berupa kadar feritin serum, Serum Iron (SI), Total Iron Binding Capacity (TIBC) dan Saturasi Transferin (ST). Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui perbedaan nilai indeks Mentzer, HbA2 dan Status besi antara anemia defisiensi besi dan thalassemia. Manfaat penelitian ini memberikan informasi jika pemeriksaan indeks mentzer dapat digunakan sebagai skrining awal untuk membedakan Anemia Defisiensi Besi dan Thalasemi. Jenis penelitian ini survei analitik dengan rancangan studi komparatif. Sampel diambil secara Total sampling dengan jumlah 20 pasien anak Anemia defisiensi Besi dan 20 pasien anak Thalasemia di RSUD Ulin Banjarmasin pada bulan Juli-Agustus 2022. Hasil analisis statistik menggunakan uji Independent Samples Test menunjukkan nilai signifikansi untuk menzter indeks 0,000, Total iron binding capacity 0,002 dan HbA2 0,000. Dengan menggunakan analisis uji Mann-Whitney menunjukkan nilai signifikansi pada serum iron sebesar 0,000, saturasi transferin 0,000 dan ferritin 0,000. Maka H1 diterima karena nilai sig < 0,05. Kesimpulannya penelitian ini terdapat perbedaan bermakna antara nilai indeks mentzer, HbA2, feritin, serum iron, total iron binding capacity, saturasi transferin antara pasien anemia defisiensi besi dan thalassemia pada pasien anak di RSUD Ulin Banjarmasin