Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan struktur sel elektroda pada proses desalinasi larutan NaCl. Pengujian desalinasi dilakukan dengan memakai 2 sel Capacitive Deionization (CDI) yang merupakan elektroda karbon berpori (serbuk karbon aktif) yang dialiri arus. Teknologi ini memanfaatkan prinsip dasar kapasitor untuk menghilangkan ion terlarut. Larutan ion mengalir melalui sepasang elektroda, elektroda positif akan menarik ion negatif dan elektroda negatif akan menarik ion positif. CDI dapat menghapus anion yang tidak teroksidasi dan kation yang tidak direduksi oleh air dengan menggunakan gaya elektrostatis. Pengambilan data menggunakan larutan NaCl 0,5 M dan laju aliran ± 40 ml/menit, dengan menggunakan variasi struktur rangkaian sistem, yaitu secara seri dan paralel. Berdasarkan pengujian yang dilakukan, diperoleh data untuk rangkaian paralel penurunan konduktivitas larutan pada proses desalinasi mencapai 14,4 mS, pengurangan kadar garam yang diperoleh sebesar 37% dalam 5 menit sedangkan untuk yang rangkaian seri penurunan konduktivitas larutan pada proses desalinasi sebesar 7,9 mS, mampu mengurangi kadar garam sebesar 17% dalam 5 menit. Hasil ini menunjukkan bahwa struktur rangkaian secara paralel mampu memberikan hasil yang lebih baik.