Tujuan dari penelitian ini yang pertama adalah untuk mengetahui perbedaan kemampuan pemahaman konsep matematika pada kelas yang menerapkan strategi pembelajaran Scaffolding berbantuan bahan ajar Macromedia Flash 8.0 dengan kelas yang menerapkan strategi pembelajaran konvensional. Kedua, perbedaan kategori siswa yang mempunyai kemandirian belajar tinggi, sedang, dan rendah terhadap kemampuan pemahaman konsep matematika. Ketiga, interaksi antara model pembelajaran dan kemandirian belajar siswa terhadap kemampuan pemahaman konsep matematika. Metode penelitian ini adalah kuantitaf, dengan jenis penelitian Quasy Experiment, serta menggunakan desain penelitian 23 uji hipotesis ANOVA dua arah sel tak sama. Penelitian ini dilaksanakan pada kelas XI IPA SMA Negeri 1 Kasui kelas XI IPA 1 dan XI IPA 2. Hasil penelitian diperoleh H0A diterima dengan nilai sig=0,082>?=0,05, H0B diterima dengan nilai sig=0,650>?=0,05 dan H0AB diterima dengan nilai sig=0,794>?=0,05. Berdasarkan uji ANOVA tersebut diperoleh hasil bahwa tidak terdapat perbedaan antara hasil pemahaman konsep matematika kelas yang menerapkan strategi pembelajaran scaffolding berbantuan bahan ajar macromedia flash 8.0 dengan kelas yang menggunakan strategi pembelajaran konvensional. Tidak terdapat perbedaan kemandirian belajar siswa tinggi, sedang, dan rendah terhadap kemampuan pemahaman konsep matematika. Serta tidak terdapat interaksi antara strategi dan kemandirian belajar siswa terhadap kemampuan pemahaman konsep matematika siswa.