Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2019 - 2024
1.881
P-Index
This Author published in this journals
All Journal TEKNIK INFORMATIKA Khazanah Informatika: Jurnal Ilmu Komputer dan Informatika Jurnal Teknoinfo Jutisi: Jurnal Ilmiah Teknik Informatika dan Sistem Informasi Progresif: Jurnal Ilmiah Komputer Jurnal Pengabdian Masyarakat Bumi Raflesia Aksara: Jurnal Ilmu Pendidikan Nonformal Jurnal Pengabdian Kepada Masyarakat Abdi Putra
Asril Adi Sunarto
Universitas Muhammadiyah Sukabumi
Humanities Computer Science & IT Control & Systems Engineering Economics, Econometrics & Finance Education Engineering Languange, Linguistic, Communication & Media Public Health Social Sciences Other

Published : 11 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search
Journal : Jurnal Teknoinfo

 1 
PARALELISASI NEEDLEMAN-WUNSCH Asril Adi Sunarto; Siti Muawamah Robial
Jurnal Teknoinfo Vol 13, No 1 (2019): JANUARI
Publisher : Universitas Teknokrat Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33365/jti.v13i1.230

Abstract

Peran ilmu komputer diberbagai domain ilmu lain telah banyak membantu dalam memecahkan masalah komputasi seperti dalam microbiologi dalam melakukan proses penjajaran DNA. Salah satu teknik dalam penjajaran urutan DNA adalah Needleman-Wunsch yang menggunakan dynamic programming. Kompleksitas dynamic programming ini mencapai O(n2). Untuk mengurangi kompleksitas tersebut, maka salah satunya dengan menggunakan komputer pararel. Penelitian ini berfokus pada paralelisasi Needlemen-Wunsch dengan menggunakan dua komputer yang saling terhubung dan sampel DNA dari GenBank: D85708.1 dan X51404.1. Tahap pengisian matrik dengan komputer pertama mengerjakan matriks segitiga atas, sisanya dengan komputer kedua. Hasilnya nilai speed up menurun drastis hingga 0.3 dan efisiensi mencapai 15 %. Besarnya kompleksitas komunikasi saat pemrosesan menjadi penyebab menurunnya performa hingga 3 kali lipat lebih lambat dari komputer tunggal. Buruknya nilai speed up dan efisiensi tersebut mengindikasikan bahwa untuk mempercepat metode Needlemen-Wunsch sangat tidak mungkin dan keliru memilih komputer pararel  untuk menjadi suatu solusi.Kata Kunci: bioinformatika, dynamic programming, komputer pararel, needlemen-wunsch, sequence alignment.
Co-Authors Adi Firmansyah Agung Maulana Agung Prakarsa Alhidayatullah Anggy Pradiftha Junfithrana Asep Budiman Kusdinar Elnawati Erik Candra Pertala Hartono . Iskandar, Yusuf Iwan Rizal Setiawan Lastri Yuningsih Prajoko Siti Muawamah Robial Yudha Surya Bhakti Yuli Noviawan