Penelitian untuk mempelajari pengaruh depresi inbreeding dan mandul jantan sitoplasma terhadap penampilan beberapa karakter agronomi padi pada populasi F1 dan F2 dilakukan dengan menggunakan populasi persilangan galur mandul jantan (cytoplasmic genetic male sterile= CMS) tipe wild abortive (WA) IR58025A dengan tiga galur pemulih kesuburan, IR53942, C20 dan Kencana Bali, masing-masing mewakili tipe padi Indica, Japonica dan Javanica; dan persilangan resiprokalnya. Hasil penelitian ini menunjukkan adanya heterosis yang nyata untuk semua karakter yang diamati pada hampir semua populasi F1 yang diuji. Sebagian besar populasi F2 menunjukkan depresi inbreeding yang nyata untuk semua karakter agronomi yang diamati, dan nilai depresi inbreeding terbesar terlihat pada karakter hasil gabah kering per tanaman yang besarnya antara 18.16% sampai dengan 53.98%. Nilai tengah karakter umur berbunga, tinggi tanaman, jumlah anakan dan hasil gabah kering per tanaman antara F1 hasil persilangan dengan menggunakan CMS sebagai tetua betina dan resiprokalnya berbeda untuk tiap kombinasi hibrida. Hal yang sama juga terjadi pada populasi F2 turunannya. Hasil penelitian mengindikasikan bahwa penurunan nilai tengah hasil gabah kering dari F1 ke F2 nyata pada semua hibrida yang diuji dan besarnya bervariasi antar kombinasi hibrida. Berdasarkan keragaan individu-individu di F2, fiksasi penampilan agronomi di F1 dimungkinkan karena sejumlah individu di F2 mampu menunjukkan penampilan yang superior dibanding F1, namun penggunaan kembali benih turunan dari hibrida F1 tidak dapat direkomendasikan karena nilai tengah dari populasi F2 secara nyata lebih rendah dibandingkan F1-nya.