Organisasi yang dinamis tidak terlepas dari keberadaan konflik. Perihal konflik juga telah dibahas dalam beberapa ayat Al Qur’an sebagai penekanan terhadap keniscayaan adanya konflik di antaranya dalam QS Al Isra’: 15, QS Al Qashash: 15 dan QS Yunus: 90. Manajemen konflik bertujuan untuk mengendalikan konflik sehingga pengaruhnya konstruktif dan fungsional. Lembaga Pendidikan Islam memiliki nilai-nilai Islam sebagai pedoman manajemen organisasi agar tetap selaras dengan petunjuk Al Qur’an. Manajemen konflik ditinjau dari perspektif Al Qur’an meliputi stimulasi konflik (QS Yunus: 99, QS Al Baqarah: 148, QS Al Jatsiyah: 22), Tabayyun (QS Al Hujurat: 6), Musyawarah (QS Ali Imran: 159), Negosiasi (QS An Naml: 34-35), Fastabiqul khoirot (QS Al Baqarah: 148), Mediasi-Akomodasi (Kisah peletakan hajar aswad), Islah (QS Al Hujurat: 9-10) dan Rudduhu ilallah (Qur’an) wa rasul (Sunnah) (QS An Nisa’: 59). Model-model manajemen konflik dalam Al Qur’an tersebut dapat diterapkan dalam manajemen lembaga Pendidikan Islam dengan mengutamakan nilai-nilai Islam sehingga konflik dalam lembaga Pendidikan Islam konstruktif dan fungsional.