Tanaman kedelai (Glycine max L.) dapat memberikan respon positif dan negatif terhadap perubahan lingkungan tumbuh di atas tanah maupun di dalam tanah. Respon tersebut dapat diketahui dari perubahan perubahan fenotipik dan fisiologis tanaman. Lingkungan di atas tanah yang berpengaruh terhadap pertumbuhan tanaman kedelai terutama adalah lama dan intensitas penyinaran, suhu udara dan kandungan CO2 di atmosfer. Lama penyinaran yang optimal adalah 10-12 jam. Berkurangnya intensitas cahaya matahari menyebabkan tanaman tumbuh lebih tinggi, ruas antar buku lebih panjang, jumlah daun dan jumlah polong lebih sedikit, dan ukuran biji semakin kecil. Respon kedelai terhadap perubahan suhu tergantung pada fase pertumbuhan. Suhu yang sesuai pada fase perkecambahan adalah 15-22oC, fase pembungaan 20-25oC, dan pada fase pemasakan 15-22oC. Peningkatan CO2 atmosfer dari 349 µL menjadi 700 µL meningkatkan laju pertukaran karbon (C), menurunkan laju transpirasi, dan meningkatkan efisiensi penggunaan air. Kondisi lingkungan di dalam tanah yang berperan terhadap pertumbuhan kedelai terutama adalah tekstur tanah, kadar air tanah dan unsur hara, unsur-unsur toksik, kemasaman tanah, suhu tanah, dan salinitas. Kedelai tumbuh baik pada tanah bertekstur ringan hingga berat, namun tanah yang padat (BI >1,38 kg/m3) tidak sesuai untuk kedelai. Kebutuhan air tanaman kedelai pada fase generatif lebih tinggi dibandingkan pada fase vegetatif, sehingga pada fase generatif lebih peka terhadap kekeringan terutama pada fase pembungaan hingga pengisian polong. Kandungan air optimal adalah 70-85% dari kapasitas lapangan. Kandungan unsur hara tanah harus di atas batas kekahatan agar tanaman tumbuh optimal. Nilai kritis suatu unsur hara dalam tanah beragam tergantung jenis tanah dan metode analisis yang digunakan. Pengaruh suhu tanah terutama pada fase perkecambahan, dan suhu tanah optimal adalah 24,2-32,8°C. Kedelai agak sensitif terhadap kemasaman tanah, unsur-unsur toksik, dan salinitas. Nilai kritis pH, Al, Mn, dan salinitas berturut-turut adalah pH 5,5, Al-dd 1,33 me/100 g, Mn 3,3 ppm, dan 1,3 dS/m. Rhizobium berperan dalam memasok kebutuhan N tanaman kedelai, namun inokulasi tidak efektif pada tanah yang sering ditanami kedelai.