Tulisan ini membahas tentang Islam Nusantara sebagai counter-hegemony melawan Radikalisme Agama di Indonesia. Berdasarkan kajian yang dilakukan terdapat relevansi atas apa yang diwacanakan Gus Dur dengan beberapa gejala yang muncul pada Islam Indonesia saat ini. Pertama, Pandangan Jihad yang keliru di sebagian kalangan Islam sendiri yaitu munculnya terorisme secara terbuka yaitu gerakan ISIS di Indonesia. Kedua, Kekerasan atas nama agama semakin merebak yaitu oleh kalangan Islam Garis Keras seperti Front Pembela Islam (FPI), Forum Umat Islam (FUI), Majelis Mujahiddin Indonesia (MMI) dan lain-lain. Ketiga, Munculnya kembali perdebatan soal Pancasila dan Khilafah terutama digaungkan oleh Hibut Tahrir Indonesia (HTI) dan beberapa kalangan Islam yang mendukung perseteruan Khilafah vis a vis Pancasila. Dalam membahas Islam Nusantara, penulis mendayagunakan teori counter-hegemony Antonio Gramsci dimana perlawanan atas radikalisme agama dilakukan dengan melakukan budaya tanding dengan wajah Islam yang toleran. Oleh sebab itu, tulisan ini akan mengupas dan menjelaskan secara mendalam wacana Islam Nusantara dengan manarik jauh atas gagasan yang dikenalkan oleh Gus Dur yaitu melalui pribumisasi Islam-nya sejak era 80-an sampai gagasan Islam Nusantara yang dimunculkan PBNU saat ini. Sehingga dapat dicapai suatu pengetahuan (knowledge) dan pemahaman (verstehen) menuju peradaban Islam Nusantara yang menghargai pluralitas, toleran dan rahmatan lil ‘alamin. This paper discusses about Islam Nusantara as a counter-cultural hegemony againts the radicalism of religion in Indonesia. Based on studies conducted there is relevance for what discured Wahid with some symptoms that appear in Islamic Indonesia at this moment. First, the view of Jihad among of most Muslims, namely the emergence of terrorism openly i.e. movement of ISIS in Indonesia. Second, Violence in the name of religion is increasingly spread by the Hard-line Islamic circles such as the Islamic Defenders Front (FPI), Muslim Forum (FUI, Indonesian Mujahideen Council (MMI) and others. Third, the reappearance of the debate the question of Pancasila and the Caliphate was mainly undertaken by Hizbut Tahrir Indonesia (HTI) and some Islamic circles that supported caliphate feud vis a vis the Pancasila. In discussing Islam Nusantara, the authors utilize the theory of counter-hegemony Antonio Gramsci where resistance against religious radicalism is done by doing a counter culture with the face of a tolerant Islam. Therefore, this article will discuss and explain in depth discourse of Islam Nusantara with interested much on the idea introduced by Gus Dur, namely through its indigenization of Islam since the '80s. In order to get a knowledge and understanding (verstehen) toward Islam Nusantara civilization that respects plurality, tolerance and rahmatan lil ‘Alamin.