Stroke merupakan masalah kesehatan yang menyebabkan cacat menahun dan menyebabkan kematian nomor 2 di dunia. Sebagian besar penderita stroke (87%) adalah penderita stroke iskemik.. Menurut Departemen Kesehatan Republik Indonesia tahun 2013,terdapat 1.236.825 orang (7,0%) yang terdiagnosis berdasarkan gejala, dan NTT menempati urutan ke 12 dengan prevalensi stroke terbanyak. Sebanyak 30% penderita stroke mengalami disabilitas residual termasuk gangguan fungsi kognitif yang mengganggu kemandirian. Hal ini dikarenakan masing-masing hemisfer otak mengatur ke 5 domain fungsi kognitif, dimana hemisfer kiri mengatur domain bahasa secara dominan yang dapat mempengaruhi domain yang lain. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui adanya perbedaan gangguan fungsi kognitif pada pasien stroke iskemik lesi hemisfer kiri dan kanan di RSUD Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang. Metode jenis penelitian ini adalah analitik observasional yang dilakukan dengan metode studi cross sectional. Sampel penelitian berjumlah 48 orang dan pengambilan sampel menggunakan teknik purposive sampling. Data didapatkan melalui wawancara pasien secara langung menggunakan instrumen MoCA-INA dan melihat status pasien. Analisis yang digunakan adalah uji Mann-Whitney. Hasil rerata uji fungsi kognitif lesi stroke iskemik hamisfer kiri dan kanan berturut-turut adalah 15,83 dan 18,87. Hasil analisis data menggunakan uji Mann-Whitney, didapatkan nilai p = 0,094. Kesimpulan hasil penelitian ini menunjukan bahwa nilai signifikan p > α (0,05), sehingga disimpulkan bahwa secara statistik, tidak terdapat perbedaan gangguan fungsi kognitif pada pasien stroke iskemik lesi hemisfer kiri dan kanan di RSUD Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang