Banteng (Bos javanicus dâAlton) dikonservasi serta didomestikasi sebagai sapi bali (Bos taurus Linnaeus) sejak 3.500 SM. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh informasi hasil analisis morfometrik banteng dankeragaman genetik populasi banteng di dalam kawasan konservasi dan lembaga konservasi serta hubungan kekerabatan antara populasi banteng dengan sapi bali melalui jarak genetik antar populasi dan jarak genetikantar individu dengan metode multiple alignment sekuen dari program Clustal X 1.83 serta analisis filogenetik menggunakan metode neighbor-joining. Morfometrik banteng di Kebun Binatang Surabaya dan Kebun Binatang Ragunan telah mengalami perubahan secara fisik dan biologis, hal ini terjadi karena jarak genetik di dalam populasi sebesar 0,000. Di kawasan konservasi, morfometrik banteng paling besar dari Taman Nasional Baluran dilihat dari ukuran telapak kaki dan jarak kaki. Hasil multiple alignment 657 urutan basa fragmen D-loop DNA mitokondria, terdiri dari enam haplotipe yaitu banteng 3 macam haplotipe dansapi bali 5 macam haplotipe, dengan demikian sapi bali memiliki keragaman genetik lebih tinggi. Jarak genetik antar haplotipe sangat kecil (0,000-0,009), sehingga hubungan kekerabatan antara banteng dan sapibali sangat dekat. Dengan demikian untuk program pemuliaan, sapi bali dapat dilakukan perkawinan silang dengan banteng dari taman nasional.