Pendidikan adalah sebuah proses, sekaligus sistem yang bermuara pada pencapaian kualitas manusia tertentu yang dianggap dan diyakini sebagai kualitas idaman. Berbagai permasalahan di atas dapat diidentifikasi terletak pada input, proses ataupun output pada lembaga pendidikan. Hal ini harus segera ditangani dan dicarikan solusi pemecahannya untuk menciptakan pendidikan nasional yang lebih berkualitas. Pesantren, Madrasah dan sekolah merupakan lembaga penyelenggara pendidikan di Indonesia . Penelitian ini menggunakan penelitian kualitatif. Informan penelitian ini adalah guru Ponpes Nurul Haq tingkat MA dan MTsN 1 Kerinci. Lokasi penelitian di Ponpes Nurul Haq tingkat MA dan MTsN 1 Kerinci. Hasil penelitian adalah Pelaksanaan pendidikan Islam di Pesantren dan Madrasah telah ada dari dahulunya. Kedua lembaga ini muncul dengan dilatar belakangi oleh kebutuhan yang berbeda antara satu sama lain. Dalam pelaksanaan pendidikan Islam kedua lembaga ini memiliki ciri khas atau corak yang berbeda antara satu sama lain. Pesantren lebih dominan Ilmu agamanya, sekolah lebih dominan ilmu umumnya. Sementara madrasah berada di antara kedua hal tersebut. Permasalahan pendidikan Islam di Pesantren dan Madrasah pada dasarnya masing-masing lembaga memiliki problematika dalam melaksanakan pendidikan Islam-nya. Ada sebagian dari problematika tersebut yang sama, namun tidak sedikit pula yang berbeda, sesuai dengan distingsi dari masing-masing lembaga pendidikan tersebut.