Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2019 - 2024
0.751
P-Index
This Author published in this journals
All Journal al-Kimiya Al-Kimia Chimica et Natura Acta
Muhammad Yusuf
1Departemen Kimia, Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Padjadjaran, Jatinangor, Sumedang
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemistry Environmental Science Materials Science & Nanotechnology

Published : 7 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 7 Documents
Search

 1 
Penggunaan Enzim α-Amilase dari Saccharomycopsis fibuligera R64 untuk Peningkatan Kualitas Roti Komposit Terigu-Ubi Jalar Ungu Agus Safari; Safri Ishmayana; Sylvi Qurrotul Aini; Saadah D. Rachman; Muhammad Yusuf; Muhammad Fadhlillah; Endah Wulandari; Idar Idar
Al-Kimia Vol 5 No 2 (2017): December
Publisher : Study Program of Chemistry - Alauddin State Islamic University of Makassar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24252/al-kimia.v5i2.3861

Abstract

Purple sweet potato (Ipomoea batatas var. Ayamurasaki) is one of typical sweet tubers which is also commonly well known as Ipomoea blackie due to blackish purple (solid purple) tuber skin and flesh. The sweet potato can be transformed into flour or pasta and used to substitute wheat flour in the production of composite bread. Instead of synthetic chemical compounds, α-amylase isolated from the yeast Saccharomycopsis fibuligera can be added to the flour or dough of the composite bread to improve its quality. The purpose of the present study was to investigate the effect of α–amylase addition on the quality of the purple sweet potato flour and pasta composite bread. The observed properties of the bread were crumbs morphology of the bread, volume increment, bread height, texture, and organoleptic test. The results showed that addition of the α-amylase to the dough of the composite bread increased the volume increment value from 155.0% to 177.1% and from 335.7% to 342.1% for the sweet potato flour and pasta bread composite, respectively. While height of the bread increased from 4.7 to 5.1 cm and from 6.9 to 7.8 cm after addition of the enzyme for the sweet potato flour and pasta bread composite, respectively. Composite bread with α-amylase addition has softer texture and higher preference. Morphology examination result showed that starch granules in the bread crums with α-amylase treatment were disrupted. Most plausibly, the enzymes degrade the starch granules and produced dextrin which inhibited the cross linking formation between starch and protein, and therefore, the speed of hardening process of the bread can be reduced.
Optimisasi Produksi α-Amilase dari Saccharomycopsis fibuligera R64 dengan Response Surface Method-Central Composite Design (RSM-CCD) Agus Safari; Ahsanul Chaliqin Gayo; Saadah Diana Rachman; Muhammad Yusuf; Safri Ishmayana
Al-Kimia Vol 7 No 1 (2019): JUNE
Publisher : Study Program of Chemistry - Alauddin State Islamic University of Makassar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24252/al-kimia.v7i1.8117

Abstract

α-Amilase (EC 3.2.1.1) is an endoamylase that hydrolyze α-1,4 glycosidic bond in amylose and amylopectin molecules yielding simpler carbohydrate. This enzyme is used to replace starch acid hydrolysis in industrial process. α-Amilase is used in many industrial processes including food, paper, bioethanol, and desizing in textile industries. This enzyme can be found in human, plants and microbes. Most industries use microbes due to their flexibility and require less space and time to culture. In the present study we use Saccharomycopsis fibuligera R64 since this yeast has high amylolytic activity and known as food borne microorganisms. Extrinsic factors are easy to manipulate in the process of enzyme production. The present study intended to determine the optimum condition for α-amylase production by S. fibuligera R64 with agitation speed, pH, and time of incubation as independent variable in the present experiment. The experiment was initiated by rejuvenation of S. fibuligera culture, design of experiment using response surface method, analysis of amylase activity, and determination of protein content. The result of the present study showed that optimum condition for amylase production using S. fibuligera R64 is at pH, agitation speed and incubation time of 3.82, 156 rpm and 49 hours, respectively. The specific activity achieved was 423.8 U/mg based on Fuwa assay.
Development of Predictive Model for Helper T Lymphocyte Epitope Binding to HLADRB1* 01:01 Ari Hardianto; Muhammad Yusuf
Chimica et Natura Acta Vol 7, No 2 (2019)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (541.831 KB) | DOI: 10.24198/cna.v7.n2.23713

Abstract

Epitopes are essential peptides for immune system stimulation, such as governing helper T lymphocyte (HTL) activation via antigen presentation and recognition. Current predictive models for epitope selection mainly rely on the antigen presentation, although HTLs only recognize 50% of the presented peptides. Thus, we developed a HTL epitope predictor which involves the antigen recognition step. The predictor is specific for epitopes presented by Human Leukocyte Allele (HLA)-DRB1*01:01, which is protective against developing multiple sclerosis and association with autoimmune diseases. As the data set, we used binding register of immunogenic and non-immunogenic HTL peptides related to HLA-DRB1*01:01. The binding registers were obtained from consensus results of two current HLA-binder predictors. Amino acid descriptors were extracted from the binding registers and subjected to random forest algorithm. A threshold optimization were applied to overcome data set imbalance class. In addition, descriptors were screened by using a recursive feature elimination to enhance the model performance. The obtained model shows that the hydrophobicity, steric, and electrostatic properties of epitopes, mainly at center of binding registers, are important for the TCR recognition as well as the HTL epitopes predictive model. The model complements current HLA-DRB1*01:01-binder prediction methods to screen immunogenic HTL epitopes.
Pola Perubahan Urutan Asam Amino pada Hemaglutinin Virus H5N1 Indonesia Idar Idar; Soni Muhsinin; Umi Baroroh; Muhammad Yusuf
Chimica et Natura Acta Vol 7, No 3 (2019)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (210.021 KB) | DOI: 10.24198/cna.v7.n3.26314

Abstract

Wabah virus flu burung tipe A, H5N1 yang memiliki patogenisitas tinggi diketahui telah menginfeksi dan mematikan jutaan unggas di Indonesia sehingga menimbulkan kerugian yang besar secara ekonomi pada peternakan unggas.  Hemaglutinin pada virus ini merupakan salah satu faktor penentu patogenisitas virus. Selain itu, komponen virus ini rentan mengalami mutasi dan dapat menyebabkan pergeseran dan penataan ulang antigen virus sehingga tercipta clade virus yang baru. Kemudian peranan HA dalam penempelan virus ke sel inang menyebabkan HA ini menjadi target untuk pengembangan obat maupun vaksin. Dengan demikian, penelitian ini bertujuan mencari pola urutan asam amino hemaglutinin yang khas pada H5N1 yang memiliki patogenisitas tinggi di Indonesia. Penelitian ini dilakukan dengan cara mengumpulkan urutan asam amino hemaglutinin H5N1 yang menginfeksi unggas di Indonesia mulai 2006 sampai 2016. Kemudian untuk mengetahui pola urutan asam amino hemaglutinin yang khas pada H5N1, dilakukan analisis penjajaran. Berdasarkan analisis tersebut dikethui bahwa urutan asam amino bagian loop hemagglutinin yang berada pada daerah asam amino posisi 341-346 memiliki pola –RRK-.
Analisis In Silico Capsid Scaffold Protein Virus Herpes Simpleks-1 Untuk Pengembangan Vaksin Herpes Opik Taupiqurrohman; Anneke Noviyanti; Muhammad Yusuf; Toto Subroto
Chimica et Natura Acta Vol 5, No 1 (2017)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (225.125 KB) | DOI: 10.24198/cna.v5.n1.12817

Abstract

Capsid scaffold protein merupakan salah satu protein virus herpes simpleks 1 yang potensial sebagai sumber kandidat vaksin peptida untuk penyakit herpes. Hal ini dikarenakan Capsid scaffold protein bersifat lestari pada semua jenis virus herpes manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan urutan peptida kandidat vaksin herpes dari Capsid scaffold protein. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah analisis in silico melalui pendekatan vaksinologi terbalik menggunakan program Vaxign dan Autodock Vina. Hasil analisis menunjukkan bahwa urutan peptida GLSQHYPPHV dari Capsid scaffold protein merupakan kandidat yang terbaik sebagai vaksin herpes berbasis peptida.
Optimisasi pH dan Agitasi pada Produksi Glukoamilase dari Saccharomycopsis fibuligera R64 Menggunakan Response Surface Method Agus Safari; Rudi Hartono; Shabarni Gaffar; Muhammad Yusuf; Saadah D. Rachman; Safri Ishmayana
Chimica et Natura Acta Vol 6, No 1 (2018)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (380.49 KB) | DOI: 10.24198/cna.v6.n1.17898

Abstract

Glukoamilase adalah salah satu enzim esktraseluler yang dihasilkan oleh ragi Saccharomycopsis fibuligera. Enzim ini mampu memecah ikatan α-1,4 dan α-1,6 glikosidik pada molekul amilosa dan amilopektin. Pada penelitian ini telah dilakukan produksi enzim glukoamilase dalam media fermentasi yang mengandung sumber karbon yang berbeda, yaitu tepung beras, dedak dan pati. Fermentasi dilakukan dengan sistem lompok pada suhu kamar dengan kecepatan agitasi 150 rpm selama 3 hari. Nilai OD dan aktivitas glukoamilase ditentukan setiap 24 jam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tepung beras menghasilkan aktivitas glukoamilase tertinggi. Aktivitas glukoamilase tertinggi pada tepung beras terdeteksi pada jam ke-48 dengan nilai 28,48 unit/mL. Dengan kondisi waktu yang sama nilai aktivitas enzim glukoamilase pada media dedak dan pati berturut-turut yaitu 18,08 dan 18,67 unit/mL. Selanjutnya media tepung beras digunakan untuk mengoptimisasi produksi enzim glukoamilase dengan variasi agitasi dan pH menggunakan desain Response Surface Method. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pH berpengaruh signifikan terhadap produksi enzim glukoamilase. Kondisi optimum produksi glukoamilase diperoleh pada agitasi dan pH berturut-turut yaitu 250 rpm dan 5. Nilai aktivitas enzim glukoamilase pada kondisi optimum yaitu 56,22 unit/mL.
Analisis Bioinformatika dan Ekspresi Protein Rekombinan Hemagglutinin Domain Globular dari Virus H5N1 Indonesia pada Eschericia coli BL21 (DE3) sebagai Komponen Vaksin Subunit Influenza Muhammad Yusuf; Rima Handiyani; Shinta Kusumawardani; Idar Idar; Umi Baroroh; Toto Subroto
al Kimiya: Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan Vol 8, No 2 (2021): al Kimiya: Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan
Publisher : Department of Chemistry, Faculty of Science and Technology, UIN Sunan Gunung Djati Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15575/ak.v8i2.14138

Abstract

 Flu burung merupakan salah satu penyakit zoonosis yang patut diwaspadai di Indonesia, khususnya galur High Pathogenic Avian Influenza (HPAI) karena dapat mematikan jika menular kepada manusia. Penggunaan vaksin influenza pada unggas, merupakan langkah preventif terhadap evolusi virus yang berbahaya dan juga penyebarannya. Selama ini, Indonesia masih menggunakan seed vaksin impor yang berasal dari luar Indonesia. Namun, karena Indonesia merupakan negara yang berada di garis khatulistiwa, karakteristik virus bisa berbeda dengan virus dari nothern-hemispere maupun southern-hemispere. Mengingat hal tersebut, Indonesia harus mengembangkan vaksin influenza menggunakan galur virus lokal. Berbeda dengan vaksin whole virus, vaksin rekombinan memiliki keunggulan dari sisi kemurnian, kecepatan produksi, dan kesesuaian galur terhadap virus yang beredar saat diperlukan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis sekuen hemagglutinin (HA) Indonesia dengan strain lainnya serta mengekspresikkan protein HA1 rekombinan pada Escherichia coli  BL21 (DE3). Galur yang digunakan pada studi ini berasal dari virus H5N1 (A/Indonesia/05/05), khususnya bagian domain globular dari HA1. Sekuen HA1 bervariasi antara strain Indonesia dengan nothern-hemispere maupun southern-hemispere dan merupakan protein yang terpapar ke luar virus. Gen HA1 disisipkan pada vektor pET-28a, kemudian plasmid diisolasi menggunakan meoe manniatis, setelah itu diekspresikan dengan induksi 1 mM IPTG selama 4 jam. Protein HA1 telah berhasil diekspresikan secara intraseluler dan telah dikonfirmasi pada berat molekul 40 kDa menggunakan SDS-PAGE. Penelitian ini dapat digunakan untuk mengembangkan vaksin subunit yang lebih spesifik terhadap virus yang beredar di lapangan.
Co-Authors Agus Safari Agus Safari Agus Safari Ahsanul Chaliqin Gayo Anneke Noviyanti Ari Hardianto Endah Wulandari Idar Idar Idar Idar Muhammad Fadhlillah Opik Taupiqurrohman Rima Handiyani Rudi Hartono Saadah D. Rachman Saadah D. Rachman Saadah Diana Rachman Safri Ishmayana Safri Ishmayana Safri Ishmayana Shabarni Gaffar Shinta Kusumawardani Soni Muhsinin Sylvi Qurrotul Aini Toto Subroto Umi Baroroh