Claim Missing Document
Check
Articles

Found 16 Documents
Search

POTENSI GEN ONCOPROTEIN HUMAN PAPILLOMAVIRUS TIPE 16 SEBAGAI KANDIDAT VAKSIN KANKER SERVIKS Taupiqurrohman, Opik; Yusuf, Muhammad; Nuswantara, Sukma; Subroto, Toto
Majalah Kedokteran Bandung Vol 48, No 2 (2016)
Publisher : Faculty of Medicine, Universitas Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (24.911 KB) | DOI: 10.15395/mkb.v48n2.761

Abstract

Kanker serviks menduduki peringkat dua besar penyebab kematian pada wanita dengan jumlah penderita meningkat setiap tahunnya. Kanker ini banyak diakibatkan oleh infeksi human papillomavirus (HPV) dan tipe prevalensi terbesar di Indonesia adalah tipe HPV 16. Vaksin HPV telah dikembangkan dan diproduksi secara komersial, namun perlu dicari alternatif lain vaksin dengan basis gen penyandi E (early) protein. Gen E6 dan E7 merupakan onkogen penting pada proses terjadinya kanker serviks. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Kimia Komputasi dan Bioinformatika, Universitas Padjadjaran, dari bulan Desember 2015 sampai Februari 2016. Pada studi ini, penemuan kandidat vaksin peptida HPV dilakukan dengan pendekatan imunoinformatika. Analisis in silico HPV tipe 16 menunjukkan bahwa gen E7 merupakan sumber kandidat vaksin yang potensial karena tidak homolog dengan genom manusia dan diprediksi memiliki afinitas yang baik terhadap major histocompability complex (MHC). Hasil analisis in silico menunjukkan bahwa kandidat vaksin HPV dari gen E7 adalah peptida YMLDLQPET dan HVDIRTLEDLLMGTL. [MKB. 2016;48(2):84?91]Kata kunci: HPV tipe 16, imunoinformatika, in silico, kanker serviksHuman Papillomavirus Type 16 Oncoprotein Genes as the Candidate of Cervical Cancer VaccineCervical cancer is the second largest cause of death for Indonesian women, with increasing number of cases every year. This cancer is mostly caused by human papillomavirus (HPV) infection, in which HPV 16 is the most prevalent type in Indonesia. Although HPV vaccine has been developed and commercially available, the other alternative of vaccine based on E (early) gene is required. Genes of E6 and E7 are important oncogenes in the development of cervical cancer. This study was conducted at the Laboratory of Computational Chemistry and Bioinformatics, Universitas Padjadjaran, from December 2015 to February 2016. In this study, the candidates of HPV peptide vaccine were discovered using immunoinformatics method. In silico-analysis of HPV type 16, it  was shown gene E7 is not homologous with human genome and it is predicted to have a good affinity with major histocompability complex (MHC). Hence, it was proposed as a potential source of peptide vaccine. It is concluded that he candidates forHPV vaccine from E7 peptides are YMLDLQPET  and HVDIRTLEDLLMGTL. [MKB. 2016;48(2):84?91]Key words: Cervical cancer HPV 16, immunoinformatics, in silico
SINTESIS PEPTIDA P251-9 BERGUGUS PELINDUNG DENGAN METODE SINTESIS PEPTIDA FASA PADAT FMOC/TBU MENGGUNAKAN ADITIF OKSIMA Hardianto, Ari; Subroto, Toto; Supratman, Unang
Jurnal Sains dan Terapan Kimia Vol 5, No 2 (2011)
Publisher : Jurnal Sains dan Terapan Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Peptida P25 merupakan epitop yang dapat dengan mudah mengaktivasisel T penolong. Sel T penolong teraktivasi berperan dalam aktivasi sel Buntuk membentuk antibodi. Peptida bahkan protein dapat dibuat denganmetode sintesis peptida fasa padat Fmoc/tBu menggunakan aditif HOBt.Namun sayangnya HOBt memiliki karakter yang mudah meledak. Padapenelitian ini telah berhasil disintesis bagian epitop P25 (peptida P251-9bergugus pelindung) yang memiliki tingkat kemurnian tinggi dan perolehan36,4% dengan metode sintesis peptida fasa padat Fmoc/tBu menggunakanaditif oksima pengganti HOBt.Kata kunci: Epitop, P251-9, sintesis peptida fasa padat Fmoc/tBu, oksima.
Sintesis Tiga Peptida Bergugus Pelindung sebagai Prekursor Komponen Vaksin Influenza Universal Subroto, Toto; Hardianto, Ari; Kahari, Abdul Alim; Pradnjaparamita, Tika
Jurnal Natur Indonesia Vol 15, No 2 (2013)
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (533.702 KB) | DOI: 10.31258/jnat.15.2.84-91

Abstract

Current highly effective conventional vaccine to halt the spread of bird flu has not been invented yet because of susceptiblemutation of influenza virus. In spite of undergoing mutation which causes the amino acid sequence change, influenzaviruses maintain conservation at ectodomain of M2 protein, especially M2e(2-16) (SLLTEVETPIRNEW). The use ofconserved epitope M2e(2-16) in epitope-based vaccine potentially produces universal influenza vaccine. In designingepitope-based vaccine, the M2e(2-16) needs to be coupled with T helper epitope, P25, which is subsequently mentioned asM2e(2-16)-K-P25 (SLLTEVETPIRNEWGKKKL IPNASLIENCTKAEL). The M2e(2-16)-K-P25 was synthesized usingconvergent solid phase peptide synthesis strategy because of the size of the sequence. In this strategy, four peptideprecursors of M2e(2-16)-K-P25; SLLTEVETP (F1), IRNEWGK (F2), KLIPNASLI (F3), and ENCTKAEL (F4); were synthesizedin advance. After the precursors ready, coupling reaction was performed to obtain M2e(2-16)-K-P25. In the previousresearch, F3 has been obtained in high purity through Fmoc/tBu solid phase peptide synthesis method. In this conductedresearch, the three remaining precursors; F1, F2, and F4; were synthesized by the same method. Each peptide was analysedby thin layer chromatography, HPLC, and mass spectroscopy methods. F1, F2 and F4 were successfully synthesized andeach of them was detected at 1490.0, 1874.8 and 1881.9 amu, respectively. However, F1 was not possible to purify becauseof its insolubility in various solvents.
PENERAPAN MODEL PEMBELAJARAN LEARNING CYCLE 7E DALAM KEMAMPUAN REPRESENTASI MATEMATIS MAHASISWA Laelasari, Laelasari; Subroto, Toto; Karimah, Nurul Ikhsan
Euclid Vol 1, No 2 (2014): EDISI JULI
Publisher : Universitas Swadaya Gunung Jati.

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33603/e.v1i2.347

Abstract

Penelitian ini merupakan penelitian eksperimen yang bertujuan untuk; (1) Mengetahui perbedaan kemampuan representasi matematis antara mahasiswa yang pembelajarannya menggunakan model pembelajaran learning cycle 7E dan pembelajaran konvensional. (2) Mengetahui peningkatan kemampuan representasi matematis pada mahasiswa yang pembelajarannya menggunakan model pembelajaran learning cycle 7E. Uji coba penelitian ini dilakukan di FKIP Unswagati Cirebon, sampel penelitian kelas D dan G mahasiswa semester II Program Studi Pendidikan Ilmu Ekonomi tahun akademik 2013/2014. Hasil penelitian diperoleh (1) Terdapat perbedaan rata-rata kemampuan representasi matematis antara mahasiswa yang pembelajarannya dengan menggunakan learning cycle 7E dengan pembelajaran secara konvensional.(2) Adanya peningkatan kemampuan representasi matematis yang signifikan pada mahasiswa yang pembelajarannya menggunakan learning cycle 7E. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa pembelajarannya menggunakan learning cycle 7E dapat meningkatkan kemampuan representasi mahasiswa.Kata Kunci: learning cycle 7E, representasi matematis,
PENGGUNAAN MODEL PEMBELAJARAN KOOPERATIF TIPE TEAMS GAMES TOURNAMENT (TGT) UNTUK MENINGKATKAN PEMAHAMAN MATEMATIS SISWA Subroto, Toto; Umayah, Siti
Euclid Vol 2, No 1 (2015): EDISI JANUARI
Publisher : Universitas Swadaya Gunung Jati.

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33603/e.v2i1.353

Abstract

ABSTIIAKPcnelitian ini bertujuan untuk mengetahui pembelajaran dengan menggunakan model pembelajnran koeperaiif tipe TOT dapat meningkatkan kcmampuan pcmahaman matemaus siswa. Penelitian ini dilaksanakan di SMP Negeri 1 Lemahabang Kabuparcn Cirebon. Populasi pada penelitian ini adalah seluruh slswa kelas VIII SMPNegeri I Lemahebang. Kelas yang djJttdikan sampel dalam penelitien Ini sebanyak 2 kelas dari 8 kelas yang ada dengan mengambil sampel secara purposif. Masing-masing kelas sebaayak 33 siswa, kelas VIII B sebagai kclas eksperimen dan kelas VIII C sebagai kelas kontrol. Hasil pcnelitian menunjukkan bahwa pembelajaran dengan meuggunakan model?pembelajaran kooperatif tipe TGT dapat meningkarkan kemampuan pemahaman matemaiis secara signifikan berdasarkan hasil uji hipotesis dengan menggunakan uji t yang nilainya 0.047 < 0,05. Secara deskriptif statistik juga dapat dilihal rata-rata peningkatan?pemahaman pada kelas eksperimen sebesar 0,45 dan peningkalan pemahaman pada kelas komrol sebesar 0,35.
SOYASAPONIN SEBAGAI ADJUVAN UNTUK MENINGKATKAN IMUNOGENISITAS VAKSIN INFLUENZA BERBASIS EPITOP M2e Idar, Idar; Subroto, Toto; Soemitro, Soetijoso
Chimica et Natura Acta Vol 3, No 1 (2015)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (267.422 KB) | DOI: 10.24198/cna.v3.n1.9173

Abstract

Indonesia menempati urutan pertama di dunia dalam kasus infeksi flu burung. Vaksin flu burung yang beredar saat ini masih berbasis hemaglutinin (HA) dan Neuraminidase (NA) yang mudah mengalami mutasi. Untuk mengatasi hal tersebut, dikembangkan vaksin influenza universal yang berbasis epitop virus influenza yang lestari yaitu M2e. Namun diperlukan adjuvan untuk meningkatkan imunogenisitas M2e. Soyasaponin adalah salah satu jenis saponin yang berpotensi dikembangkan sebagai adjuvan. Dalam penelitian ini, digunakan epitop M2e yang telah dimodifikasi, M2e2-16-K-P25 dan soyasaponin I sebagai adjuvannya. Efektivitas vaksin diuji terhadap mencit galur BALB/c. Respon antibodi M2e yang dihasilkan pada serum mencit diukur dengan ELISA Berdasarkan penelitian ini, soyasaponin I terbukti dapat meningkatkan immunogenisitas epitop M2e2-16-K-P25 dengan cukup baik.
PERUBAHAN SIFAT FISIKOKIMIA TEPUNG SORGUM SETELAH HIDROLISIS PARSIAL DENGAN ENZIM α-AMILASE DARI Bacillus Sp. (TERMAMYL®) Fadhlillah, Muhammad; Ishmayana, Safri; Idar, Idar; Soemitro, Soetijoso; Subroto, Toto
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 1 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (379.479 KB) | DOI: 10.24198/cna.v4.n1.10444

Abstract

Salah satu upaya untuk memperbaiki sifat tepung adalah dengan menggunakan perlakuan enzimatik dengan enzim α-amilase. Sifat fisikokima tepung sorgum yang sudah dihidrolisis sebagian dapat mengalami perubahan. Penelitian kelompok kami sebelumnya menunjukkan bahwa α-amilase komersial (Termamyl®) memiliki kemampuan untuk mendegradasi tepung sorgum. Pada penelitian ini sifat tepung sorgum yang telah didegradasi ditentukan yaitu mencakup volume pengembangan, viskositas, dan kristalinitas. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa terjadi penurunan volume pengembangan sebesar 60% pada suhu 95°C, penurunan suhu pembentukan pasta dari 80-85°C menjadi 70-75°C, dan pengurangan refleksi kristalit yang menunjukan perubahan kristalinitas dari semikristalin menjadi amorf pada tepung sorgum terhidrolisis bila dibandingkan dengan tepung sorgum sebelum hidrolisis.
POTENSI ENZIM α-AMILASE DARI Bacillus Sp. (TERMAMYL®) UNTUK PEMROSESAN TEPUNG SORGUM Fadhlillah, Muhammad; Soemitro, Soetijoso; Subroto, Toto
Chimica et Natura Acta Vol 3, No 3 (2015)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (288.666 KB) | DOI: 10.24198/cna.v3.n3.9218

Abstract

Tepung sorghum merupakan salah satu sumber karbohidrat non gluten yang dapat digunakan sebagai pengganti gandum. Sayangnya, makanan berbahan dasar sorgum seperti roti sorgum memiliki kecenderungan penurunan kualitas tekstur lebih cepat selama penyimpanan. α-Amilase rutin digunakan dalam pembuatan roti gandum sebagai antifirming untuk menghasilkan kualitas yang lebih baik. Pada penelitian ini dilakukan penentuan karakter enzim α-amilase komersial (Termamyl®) serta menentukan potensinya untuk digunakan dalam pemrosesan tepung sorgum. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Termamyl® memiliki kemampuan untuk memecah pati mentah. Penelitian lebih lanjut menunjukkan bahwa tepung sorgum yang diberi perlakuan Termamyl® mengubah bentuk granula pati sorgum dan juga mengurangi kandungan amilosa sebesar 27%.
Analisis In Silico Capsid Scaffold Protein Virus Herpes Simpleks-1 Untuk Pengembangan Vaksin Herpes Taupiqurrohman, Opik; Noviyanti, Anneke; Yusuf, Muhammad; Subroto, Toto
Chimica et Natura Acta Vol 5, No 1 (2017)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (225.125 KB) | DOI: 10.24198/cna.v5.n1.12817

Abstract

Capsid scaffold protein merupakan salah satu protein virus herpes simpleks 1 yang potensial sebagai sumber kandidat vaksin peptida untuk penyakit herpes. Hal ini dikarenakan Capsid scaffold protein bersifat lestari pada semua jenis virus herpes manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan urutan peptida kandidat vaksin herpes dari Capsid scaffold protein. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah analisis in silico melalui pendekatan vaksinologi terbalik menggunakan program Vaxign dan Autodock Vina. Hasil analisis menunjukkan bahwa urutan peptida GLSQHYPPHV dari Capsid scaffold protein merupakan kandidat yang terbaik sebagai vaksin herpes berbasis peptida.
Pemurnian Pretrombin-2pH Hasil Ko-Ekspresi Chaperone pada Escherichia coli ER2566 Menggunakan Sistem IMPACT Maksum, Iman Permana; Budiantoro, Ogi; Hasan, Khomaini; Soemitro, Soetijoso; Subroto, Toto
Chimica et Natura Acta Vol 5, No 2 (2017)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (420.794 KB) | DOI: 10.24198/cna.v5.n2.14605

Abstract

Pemurnian pretrombin-2 merupakan tahap penting dalam produksi trombin sebagai salah satu komponen lem fibrin untuk mengganti teknik jahitan pascabedah mata. Pemurnian pretrombin-2 melalui sistem IMPACT memanfaatkan aktivitas pemotongan intein yang membawa penanda afinitas chitin-binding domain dan tidak memerlukan enzim protease tambahan. Pemotongan pretrombin-2pH dari CBD-intein dapat dilakukan melalui C-terminal intein dengan induksi perubahan pH dan suhu tanpa memerlukan reagen kimia tambahan. Namun dibutuhkan kondisi pH, suhu dan waktu inkubasi yang sesuai untuk memotong pretrombin-2pH dari C-terminal intein. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kondisi pH, suhu dan waktu inkubasi pemotongan yang dibutuhkan dalam pemurnian pretrombin-2pH dengan memanfaatkan aktivitas pemotongan C-terminal intein. Metode yang dilakukan adalah ekspresi gen CBD-intein-pt2pH menggunakan vektor pTWIN1 dalam E. coli ER2566 disertai dengan ko-ekspresi chaperone menggunakan plasmid pG-KJE8, isolasi CBD-intein-PT2pH dengan metode sonikasi, pemurnian pretrombin-2pH menggunakan sistem IMPACT, serta karakterisasi pretrombin-2pH hasil pemurnian dengan metode SDS-PAGE. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kondisi inkubasi pemotongan yang dibutuhkan untuk mendapatkan pretrombin-2pH murni adalah pada suhu 25oC, selama 48 jam dengan perubahan pH lingkungan kolom dari 8,5 ke 7,0. Namun efisiensi pemotongan yang dihasilkan sangat kecil. Hal ini mungkin disebabkan oleh kondisi suhu dan waktu inkubasi yang belum optimum serta diduga masih terdapat reaksi proteolisis yang mendegradasi pretrombin-2pH murni yang dihasilkan.