Garuda - Garba Rujukan Digital

Article Per Year (5 Year)

p-Index From 2019 - 2024

0.92

P-Index

This Author published in this journals

All Journal Al-Kimia Chimica et Natura Acta al Kimiya : Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan

Muhammad Yusuf

1Departemen Kimia, Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Padjadjaran, Jatinangor, Sumedang

Author-ID : 2681087

Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Environmental Science Materials Science & Nanotechnology

Published : 7 Documents Claim Missing Document

Claim Missing Document

Articles

Title

Development of Predictive Model for Helper T Lymphocyte Epitope Binding to HLADRB1* 01:01 Ari Hardianto; Muhammad Yusuf
Chimica et Natura Acta Vol 7, No 2 (2019)
Publisher : Departemen Kimia

Epitopes are essential peptides for immune system stimulation, such as governing helper T lymphocyte (HTL) activation via antigen presentation and recognition. Current predictive models for epitope selection mainly rely on the antigen presentation, although HTLs only recognize 50% of the presented peptides. Thus, we developed a HTL epitope predictor which involves the antigen recognition step. The predictor is specific for epitopes presented by Human Leukocyte Allele (HLA)-DRB1*01:01, which is protective against developing multiple sclerosis and association with autoimmune diseases. As the data set, we used binding register of immunogenic and non-immunogenic HTL peptides related to HLA-DRB1*01:01. The binding registers were obtained from consensus results of two current HLA-binder predictors. Amino acid descriptors were extracted from the binding registers and subjected to random forest algorithm. A threshold optimization were applied to overcome data set imbalance class. In addition, descriptors were screened by using a recursive feature elimination to enhance the model performance. The obtained model shows that the hydrophobicity, steric, and electrostatic properties of epitopes, mainly at center of binding registers, are important for the TCR recognition as well as the HTL epitopes predictive model. The model complements current HLA-DRB1*01:01-binder prediction methods to screen immunogenic HTL epitopes.

Pola Perubahan Urutan Asam Amino pada Hemaglutinin Virus H5N1 Indonesia Idar Idar; Soni Muhsinin; Umi Baroroh; Muhammad Yusuf
Chimica et Natura Acta Vol 7, No 3 (2019)
Publisher : Departemen Kimia

Wabah virus flu burung tipe A, H5N1 yang memiliki patogenisitas tinggi diketahui telah menginfeksi dan mematikan jutaan unggas di Indonesia sehingga menimbulkan kerugian yang besar secara ekonomi pada peternakan unggas. Hemaglutinin pada virus ini merupakan salah satu faktor penentu patogenisitas virus. Selain itu, komponen virus ini rentan mengalami mutasi dan dapat menyebabkan pergeseran dan penataan ulang antigen virus sehingga tercipta clade virus yang baru. Kemudian peranan HA dalam penempelan virus ke sel inang menyebabkan HA ini menjadi target untuk pengembangan obat maupun vaksin. Dengan demikian, penelitian ini bertujuan mencari pola urutan asam amino hemaglutinin yang khas pada H5N1 yang memiliki patogenisitas tinggi di Indonesia. Penelitian ini dilakukan dengan cara mengumpulkan urutan asam amino hemaglutinin H5N1 yang menginfeksi unggas di Indonesia mulai 2006 sampai 2016. Kemudian untuk mengetahui pola urutan asam amino hemaglutinin yang khas pada H5N1, dilakukan analisis penjajaran. Berdasarkan analisis tersebut dikethui bahwa urutan asam amino bagian loop hemagglutinin yang berada pada daerah asam amino posisi 341-346 memiliki pola –RRK-.

Analisis In Silico Capsid Scaffold Protein Virus Herpes Simpleks-1 Untuk Pengembangan Vaksin Herpes Opik Taupiqurrohman; Anneke Noviyanti; Muhammad Yusuf; Toto Subroto
Chimica et Natura Acta Vol 5, No 1 (2017)
Publisher : Departemen Kimia

Capsid scaffold protein merupakan salah satu protein virus herpes simpleks 1 yang potensial sebagai sumber kandidat vaksin peptida untuk penyakit herpes. Hal ini dikarenakan Capsid scaffold protein bersifat lestari pada semua jenis virus herpes manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan urutan peptida kandidat vaksin herpes dari Capsid scaffold protein. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah analisis in silico melalui pendekatan vaksinologi terbalik menggunakan program Vaxign dan Autodock Vina. Hasil analisis menunjukkan bahwa urutan peptida GLSQHYPPHV dari Capsid scaffold protein merupakan kandidat yang terbaik sebagai vaksin herpes berbasis peptida.

Optimisasi pH dan Agitasi pada Produksi Glukoamilase dari Saccharomycopsis fibuligera R64 Menggunakan Response Surface Method Agus Safari; Rudi Hartono; Shabarni Gaffar; Muhammad Yusuf; Saadah D. Rachman; Safri Ishmayana
Chimica et Natura Acta Vol 6, No 1 (2018)
Publisher : Departemen Kimia

Glukoamilase adalah salah satu enzim esktraseluler yang dihasilkan oleh ragi Saccharomycopsis fibuligera. Enzim ini mampu memecah ikatan α-1,4 dan α-1,6 glikosidik pada molekul amilosa dan amilopektin. Pada penelitian ini telah dilakukan produksi enzim glukoamilase dalam media fermentasi yang mengandung sumber karbon yang berbeda, yaitu tepung beras, dedak dan pati. Fermentasi dilakukan dengan sistem lompok pada suhu kamar dengan kecepatan agitasi 150 rpm selama 3 hari. Nilai OD dan aktivitas glukoamilase ditentukan setiap 24 jam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tepung beras menghasilkan aktivitas glukoamilase tertinggi. Aktivitas glukoamilase tertinggi pada tepung beras terdeteksi pada jam ke-48 dengan nilai 28,48 unit/mL. Dengan kondisi waktu yang sama nilai aktivitas enzim glukoamilase pada media dedak dan pati berturut-turut yaitu 18,08 dan 18,67 unit/mL. Selanjutnya media tepung beras digunakan untuk mengoptimisasi produksi enzim glukoamilase dengan variasi agitasi dan pH menggunakan desain Response Surface Method. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pH berpengaruh signifikan terhadap produksi enzim glukoamilase. Kondisi optimum produksi glukoamilase diperoleh pada agitasi dan pH berturut-turut yaitu 250 rpm dan 5. Nilai aktivitas enzim glukoamilase pada kondisi optimum yaitu 56,22 unit/mL.

Co-Authors Agus Safari Agus Safari Agus Safari Ahsanul Chaliqin Gayo Anneke Noviyanti Ari Hardianto Endah Wulandari Idar Idar Idar Idar Muhammad Fadhlillah Opik Taupiqurrohman Rima Handiyani Rudi Hartono Saadah D. Rachman Saadah D. Rachman Saadah Diana Rachman Safri Ishmayana Safri Ishmayana Safri Ishmayana Shabarni Gaffar Shinta Kusumawardani Soni Muhsinin Sylvi Qurrotul Aini Toto Subroto Umi Baroroh

Title Search

Found 4 Documents Search Journal : Chimica et Natura Acta

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 4 Documents
Search
Journal : Chimica et Natura Acta