Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2019 - 2024
0.983
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Sain Veteriner Indonesian Journal of Biotechnology Journal of Tropical Biodiversity and Biotechnology JURNAL KAJIAN VETERINER Jurnal Nasional Teknologi Terapan Jurnal Kedokteran Hewan
Aris Haryanto
Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Civil Engineering, Building, Construction & Architecture Computer Science & IT Control & Systems Engineering Electrical & Electronics Engineering Environmental Science Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology Public Health Veterinary

Published : 13 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 13 Documents
Search

 1   2 
DIAGNOSIS CEPAT VIRUS AVIAN INFLUENZA TIPE A SUBTIPE H5 DARI SPESIMEN LAPANGAN DENGAN METODE ONESTEP SIMPLEX RT-PCR Aris Haryanto; Duhita Andinita; Sri Handayani Irianingsih; Dini Wahyu Yudianingtyas
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 6, No 1 (2012): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v6i1.346

Abstract

Virus avian influenza (AI) merupakan virus dengan materi genetik RNA single-stranded sense negatif, beramplop yang termasuk dalam famili Orthomyxoviridae. Onestep simplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) merupakan salah satu metode diagnosis yang dapat diandalkan untuk mendeteksi virus AI. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menerapkan metode diagnosis cepat virus AI pada spesimen lapangan secara langsung dari pasar unggas berdasarkan amplifikasi RT-PCR gen M dan H5 dengan metode yang berbasis onestep simplex RT-PCR tanpa melalui proses inokulasi dan propagasi virus AI dalam telur ayam berembrio (TAB). Sebanyak 35 sampel spesimen lapangan dari swab trakea unggas yang berasal dari pasar unggas di Terban, Kotamadya Yogyakarta digunakan dalam penelitian ini. Amplifikasi DNA secara onestep simplex RT-PCR pada gen matriks (M) dilakukan terhadap seluruh sampel. Pada sampel-sampel yang menunjukkan hasil positif pada amplifikasi gen M kemudian dilakukan amplifikasi RT-PCR secara lebih lanjut untuk gen H5 virus AI. Produk hasil amplifikasi RT-PCR gen M dan H5 divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel agarose konsentrasi 1% dengan pewarnaan SYBR® Safe DNA Gel Staining. Hasil amplifikasi RT-PCR gen M menunjukkan bahwa dari 35 sampel diperoleh 8 sampel positif terinfeksi virus AI tipe A yang ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA sebesar 200 bp, sedangkan hasil amplifikasi gen H5 sebanyak 5 dari 8 sampel-sampel tersebut merupakan virus AI tipe A subtipe H5 yang ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA sebesar 545 bp. Diagnosis cepat virus AI tipe A subtipe H5 secara langsung dari spesimen lapangan di pasar unggas dapat dilakukan dengan metode onestep simplex RT-PCR, namun metode diagnosis tersebut tidak dapat mendeteksi keberadaan virus AI dalam sampel yang virusnya terlalu sedikit.
PENENTUAN SUBTIPE VIRUS AVIAN INFLUENZA DENGAN METODE SINGLE STEP MULTIPLEX REVERSE TRANSCRIPTASE- POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) ISOLAT ASAL PROVINSI ACEH Teuku Zahrial Helmi; Rini Widayanti; Aris Haryanto
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v8i1.1265

Abstract

Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi keberadaan gen M, H5, dan N1 virus avian influenza (AI) melalui metode single step multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), sebagai acuan untuk peneguhan diagnosis secara molekuler virus AI di Provinsi Aceh. Penelitian ini menggunakan 11 isolat virus AI asal Provinsi Aceh yang diperoleh dari Laboratorium Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional I Medan di Sumatera Utara dari tahun 2006-2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Virologi BPPV Regional I di Medan, Sumatera Utara. Amplifikasi terhadap gen matriks (M) virus AI menggunakan metode simplex RT-PCR. Hasil simplex RT-PCR terhadap gen M diperoleh 10 isolat yang menunjukkan pita deoxyribonucleic acid (DNA) pada 276 bp dan satu isolat yang tidak muncul, kemudian dilanjutkan dengan metode single step multiplex RT-PCR menggunakan pasangan primer gen penyandi protein N1, H5, dan M. Produk PCR 131 bp (N1), 189 bp (H5), dan 276 bp (M) muncul sebagai hasil elektroforesis dari semua isolat virus AI. Semua virus AI yang mewabah dari tahun 2006-2008 di Provinsi Aceh termasuk ke dalam virus influenza A subtipe H5N1.
ANALISIS FILOGENETIK ISOLAT VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ASAL PROVINSI ACEH Teuku Zahrial Helmy; Rini Widayanti; Aris Haryanto
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 6, No 1 (2012): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v6i1.348

Abstract

Penelitian ini bertujuan melakukan studi filogenetik virus AI tipe A subtipe H5N1 isolat asal Provinsi Aceh yang dapat memberikan informasi secara molekuler tentang kekerabatan antar isolat virus AI tipe A subtipe H5N1. Sebanyak 11 isolat virus AI asal Provinsi Aceh yang dikoleksi oleh Laboratorium Virologi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional I di Medan, Sumatera Utara selama kurun waktu 2007-2008 digunakan dalam penelitian ini. Metode penelitian meliputi preparasi sampel isolat virus, ekstraksi RNA, amplifikasi gen H, elektroforesis DNA hasil amplifikasi, sekuensing, dan analisis data hasil sekuensing dengan software MEGA 4.0. Hasil sekuensing diketahui bahwa daerah yang teramplifikasi sebesar 191 bp. Hasil allignment dari nukleotida 191 bp ditemukan urutan nukleotida yang menyandi 5 asam amino yang berbeda pada posisi asam amino ke-493, 498, 499, 504, dan 515 antara isolat virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh selama tahun 2007-2008 dengan isolat dari pembanding dari gene bank. Kontruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh tahun 2007-2008 mengelompok secara terpisah dari isolat Indonesia yang lain, tetapi masih dalam klaster virus AI subtipe H5N1 Indonesia.
Co-Authors Charles Rangga Tabu Diana Savitri Diana Savitri Dini Wahyu Yudianingtyas Duhita Andinita Hevi Wihadmadyatami Ida Tjahajati Irhamna Putri Irhamna Putri Medania Purwaningrum Moenek, Devi Y.J.A. Muh. Disna Faizal Nastiti Wijayanti Nastiti Wijayanti Ratu Fresa Khoirotunnisa Hidayat Rini Widayanti Sofia Mubarika Sri Handayani Irianingsih Teuku Zahrial Helmi Teuku Zahrial Helmy Verawati Verawati Warih Pulung Nugrahani Warih Pulung Nugrahani