Produksi limbah Industri dan juga buangan limbah rumah tangga yang semakin meningkat dan terjadi terus-menerus, menjadikan sungai tempat pembuangan terakhir sehingga dapat mencemari biota yang berada disekitaran sungai tersebut. Masyarakat di Desa Kupang memanfaatkan aliran sungai tersebut sebagai sumber air untuk budidaya rumput laut Gracilaria sp. Salah satu untuk mengetahui cemaran logam berat pada perairan tersebut dengan mengecek keberadaan kadar Metallothionein pada rumput laut, karena sifat Metallothionein adalah protein yang dapat mengikat logam esensial maupun non esensial. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kadar Metallothionein pada Gracilaria sp. yang terekspresi pada bagian pangkal dan ujung rumput laut Gracilaria sp. Metode yang digunakan adalah metode deskriptif. Analisis pengujian kadar Metallothionein menggunakan Eliza rider. Hasil penelitian ini bahwa kondisi perairan budidaya tambak Gracilaria sp. untuk parameter suhu, pH, DO sesuai dengan kondisi perairan tambak, tetapi pada parameter salinitas tidak sesuai yaitu melebihi SNI 40 ppt, karena penguapan yang tinggi pada saat musim kemarau, sehingga kadar garamnya tinggi. Kualitas perairan sangat berpengaruh dengan keberadaan Enzim Metallothionein pada pangkal dan ujung rumput laut, Kadar enzim Metallothionein tertinggi terdapat pada bagian ujung Gracilaria sp. yaitu berkisar antara 2.026-2.734 mg/mL. Terjadinya penyerapan yang tinggi karena pada bagian ujung terdapat banyak percabangan kecil dan masih muda sehingga proses penyerapannya masih kuat, sedangkan pada bagian pangkal terdiri dari sel-sel yang sudah tua dengan percabangan yang sedikit dan jumlahnya juga sedikit.