The rapid growth and the various communicable diseases should be compensated with qualifi ed health programs. The programs’ budget should be able to meet the need of communicable disease intervention. In the era of decentralization, differences in the ability of each district in handling health problems could triger the disparity between districts. This research analyzes the difference of budget elasticity that existed in the communicable disease intervention between districts in Java Bali and Papua region. This is an analytical study which analyze the difference of communicable disease budget elasticity based on the geographic characteristics, fi scal capacity, and health status in each districts. The data is collected cross sectional in all districts that exist in Java Bali and Papua as the population. The difference of elasticity based on each indicator used in this study was analysed using independent t-test. The elasticity of communicable disease prevention fi nancing is different among districts with different public health index inJava Bali and Papua regional. Themajority of communicable disease budget in districts are inelastic, in both regions. It is different with the assumption that budget elasticity of communicable disease should be responsive. The budget elasticity of communicable disease in Indonesia is infl uenced by its health condition of each district. This condition is contrast to the ideal budget elasticity that should be elastic in accordance to the communicable disease problems. The use of economic assumption for further research should be concerns to the uncertainty of health characteristic. Abstrak Tingginya laju pertumbuhan dan bervariasinya jenis penyakit menular harus diimbangi dengan upaya penanggulangan yang responsif. Pembiayaan penanggulangan penyakit menular harus menyesuaikan dengan perkembangan penyakit menular. Di era desentralisasi, terdapat perbedaan kemampuan tiap daerah dalam pembiayaan kesehatan sehingga menyebabkan adanya disparitas penyakit antar daerah. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan komparasi elastisitas pembiayaan yang telah dikeluarkan oleh pemerintah daerah dalam penanggulangan penyakit menular di regional Jawa Bali dan Papua. Komparasi ini dilakukan sebagai analisis lanjut Riset Pembiayaan Kesehatan tahun 2015 oleh Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Kementerian Kesehatan RI. Penelitian analitik ini melakukan komparasi elastisitas pembiayaan penanggulangan penyakit menular berdasarkan perbedaan karakteristik geografi , kemampuanfiskal, dan status kesehatan pada setiap kabupaten/kota yang ada di regional Jawa Bali dan Papua. Data dikumpulkan secara cross sectional pada Dinas Kesehatan kabupaten/kota yang ada di regional Jawa Bali dan Papua. Komparasi elastisitas terhadap setiap indikator yang digunakan dalam penelitian ini dianalisis menggunakan independent t-test. Elastisitas pembiayaan penanggulangan penyakit menular antar Kabupaten/Kota berbeda pada regional Jawa Bali dan Papua dengan IPKM berbeda. Kondisi pembiayaan penanggulangan penyakit menular yang seharusnya elastis, tidak terjadi pada kedua regional. Mayoritas Kabupaten/Kota cenderung inelastis dalam membiayai penanggulangan penyakit menular di masing-masing daerah. Elasitisitas pembiayaan penanggulangan penyakit menular pada Kabupaten/Kota di Indonesia dipengaruhi oleh kondisi kesehatan masing-masing daerah. Kondisi ini bertolak belakang dengan asumsipembiayaan penanggulangan penyakit menular yang harusnya responsif sesuai dengan masalah penyakit menular yang muncul. Penggunaan asumsi yang juga memperhatikan beberapa masalah kesehatan lain merupakan hal yang perlu digunakan pada penelitian selanjutnya.