Andrographis paniculata (Burm. F.) Nees (AP) dikenal karena rasanya yang pahit dan sudah umum digunakan sebagai obat tradisional. Studi fitokimia AP menunjukkan bahwa andrografolid adalah senyawa bioaktif utama. Berdasarkan penelitian, andrografolid memiliki efek sebagai antikanker dengan berbagai mekanisme. WHO telah memperkenalkan teknik kromatografi sidik jari (Fingerprint) yang dapat digunakan untuk penilaian keamanan dan kualitas obat herbal. Tujuan dari penelitian ini adalah memprediksi efek antikanker AP menggunakan analisis Brine Shrimp Lethality Test dan MLR dengan beberapa prediktor seperti AUC dari kromatogram sidik jari, ketinggian geografis, dan IC50. Desain penelitian ini adalah eksperimental laboratorik menggunakan AP dari daerah berbeda yaitu Tawangmangu (Twg), Bandung (Bdg), Denpasar (Dps). Hasil BSLT menunjukkan bahwa AP dari Twg memiliki nilai toksisitas lebih tinggi dari Bdg dan Dps dengan LC50 5,08 mg/L. AUC kromatogram AP dan ketinggian geografis menunjukkan korelasi yang kuat terhadap potensi efek sitotoksik antikanker berdasarkan LC50 dengan nilai R2 0,984 dan dengan nilai p <0,05. Hal ini menunjukkan bahwa metode analisis MLR dapat digunakan untuk memprediksi respon farmakologi AP sitotoksik (LC50) terhadap beberapa prediktor seperti AUC, LC50, dan ketinggian geografis.