Kabupaten Raja Ampat Luas wilayahnya diperkirakan 46.000 Km persegi, 85% merupakan wilayah perairan laut, dan sisanya sekitar 6.000 Km persegi merupakan daratan. Kabupaten ini memiliki sekitar 610 pulau. Tujuan penelit ian untuk melihat keanekaragaman dan kelimpahan jenis ikan karang yang ada pada lokasi Daerah Perlindungan Laut (DPL) di kabupaten Raja Ampat di perairan wilayah Kecamatan Waigeo Selatan, Meosmansar, Waigeo Barat, Waigeo Barat Kepulauan dan Selat Sagawin Kabupaten Raja Ampat. Hasilnya Kelimpahan ikan karang di keseluruhan DPL (23 Lokasi) Kabupaten Raja Ampat ditemukan sebanyak 178 jenis ikan karang yang termasuk dalam 24 suku. Jenis ikan karang yang memiliki kelimpahan tertinggi adalah Jenis Pterocaesio tile (famili Caesionidae). Indeks keanekar agaman (H’) tertinggi terdapat pada hampir disemua DPL, hal itu dapat diketahui bahwa komunitas dalam keadaan stabil atau keragaman tinggi dengan jumlah individu tiap spesies seragam dan tidak ada yang dominan (H’>3), sedangkan Indeks keanekaragaman terendah hanya terdapat pada DPL Kampung Kapisawar dan kampung Kurkapa disebabkan kelimpahan jenis Lutjanus biguttatus dan Caesio caerulaurea cukup banyak jumlah individunya, hal ini dapat diketahui bahwa kumunitas dalam keadaan sedang kestabilannya atau keanekaragaman sedang dengan jumlah individu tiap spesies t idak seragam tetapi tidak ada yang dominan (1< H’< 3). Indeks keseragaman (E) hampir disemua DPL, keseragaman spesies tinggi (E> 0) sedangkan pada DPL Kampung Kapisawar dan Kampung Kurkapa, keseragaman spesies sedang (0,4 < E < 0,6). Indeks dominan (C) pada semua DPL yang berada di kabupaten Raja Ampat, ini menunjukan rendah bahwa ada cenderungan tidak ada individu yang mendominasi komunitas tersebut. Dan Uji beda terdapat perbedaan nilai jumlah individu yang signifikan dari 23 DPL.